《清史稿·后妃传》记载顺治帝有两后、十五妃。但他的婚姻生活是个悲剧。
顺治先后册立两位皇后。一位是他的母亲昭圣皇太后的侄女博尔济吉特氏，由多尔衮做主定婚、聘娶。顺治亲政，册为皇后。二人性格不合，顺治废掉皇后，降为侧妃。另一位是孝惠章皇后，博尔济吉特氏，顺治十一年(1654年)五月，年十四，聘为妃。六月，册为皇后。她不久又受到顺治帝的责斥。但这位皇后能委屈圆通，又有太后呵护，才没有被废掉。
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顺治真正视为国色天香、红粉知己的是董鄂妃，即后来追封的孝献皇后。顺治帝对董鄂妃可谓是一见钟情，至死不渝。有几件事可以说明少年天子对董鄂妃的恩爱逾常。
独宠董妃
孝献皇后，世称董鄂妃，内大臣鄂硕之女，董鄂妃在顺治十三年(1656年)八月二十五日被册为“贤妃”，仅一月有余，顺治以“敏慧端良、未有出董鄂氏之上者”为理由，晋封她为皇贵妃。这样的升迁速度，历史上十分罕见。十二月初六日，顺治帝还为董鄂妃举行了十分隆重的册妃典礼，并按照册封皇后的大礼颁恩诏大赦天下。在有清一代近300年的历史上，因为册立皇贵妃而大赦天下的，这是绝无仅有的一次。
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这一年顺治19岁，董鄂妃18岁。中国第一历史档案馆中保存了册立董鄂妃为皇贵妃的《诏书》。按常规，皇帝只有在册立皇后的大礼上，才会颁布诏书公告天下。董鄂妃享受到这种特殊礼遇，表明她得到了顺治不同寻常的宠爱。1657年，董鄂妃生下皇四子，顺治欣喜若狂，颁诏天下“此乃朕第一子”，对这个孩子的待遇如同嫡出，大有册封太子之意。
然而这个孩子生下不到三个月就夭折了，顺治下令追封其为和硕荣亲王，为他修建了高规模园寝。董鄂妃本来就体弱多病，皇四子又百日而殇，这种打击使得她从此一病不起，顺治十七年(1660)八月十九日，一代名妃、绝代佳人董鄂妃香消玉殒，病逝于东六宫之一的承乾宫，年仅22岁。
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据福临说，董鄂妃崩时“言动不乱，端坐呼佛号，嘘气而死。薨后数日，颜貌安整，俨如平时”。