不料，在康熙四十七年(1708年)，大祸发生。这一年四月，他正和东家在书房下棋，突然闯入一队官兵，将他锁拿。因为他几年前一次酒后向一位老友透露了“秘密”，浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚听说后，就在康熙四十五年(1706年)打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。
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审讯结果证明他是清白的。审问官员将审问结果上报给康熙。事实证明，康熙皇帝所说的“查访明朝后裔”，其实是叶公好龙。皇帝发下来的谕旨：朱三即王士元，著凌迟处死。(摘编自《文史参考》)
