嘉庆皇帝有过两位皇后，以为是孝淑睿皇后，喜塔腊氏;另一位是孝和睿皇后，钮祜禄氏。孝和睿皇后是在孝淑睿皇后死后被册立为皇后的。
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孝淑睿皇后喜塔腊氏，是内务府大臣、副都统和尔经额的女儿，在公元1774年，就是乾隆三十九的时候嫁给了当时还是皇子的嘉庆皇帝颙琰，是颙琰的嫡福晋。而且孝淑睿皇后还是道光皇帝旻宁的生母。乾隆帝的时候，百官都会猜测谁才会被立为太子，从乾隆给各个皇子配福晋的地位上就能看出一二，为了避人耳目暴露储君的情况，出身并不是豪门富贵的喜塔腊氏就成为了嫡福晋，也是是一个包衣成嫡的奇迹。
嘉庆皇帝的另一位皇后是孝和睿皇后，钮祜禄氏。钮祜禄氏是清朝满族的大姓，而且，这意味钮祜禄氏还是礼部尚书恭阿拉的女儿。钮祜禄氏在孝淑睿皇后死之前就被封皇贵妃，孝淑睿皇后死了之后，也就是在嘉庆六年的时候被正是册封为皇后，是嘉庆皇帝的第二位皇后。
孝和睿皇后非常的聪明和是个明智的女人，这一点从道光皇帝继位的时候就能看出来。嘉庆皇帝暴毙，一切都是未知，但是旻宁本来就是嘉庆和乾隆都属意的继承人选，而且旻宁嫡子的身份比自己扶正之后的儿子的身份来的高贵些，从礼从理都应该是旻宁继位。因此孝和睿皇后就以皇后的身份下了一道懿旨，令道光名正言顺成为皇帝，受到道光的尊重。但是懿旨中的措辞，也留给了后世许多争论的东西。
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为什么会有嘉庆帝错立太子和皇后的谜案呢，因为嘉庆帝是暴毙的，一切都来的太突然，所以才有“谜案”的说法，其实一切早已经就能够看出些端倪。
首先嘉庆帝最后选了旻宁为自己的继承人，也就是后来的道光皇帝。为什么说嘉庆帝没有错立旻宁呢，因为旻宁本身就是一个非常优秀的皇子，深得嘉庆的喜爱，就连爷爷乾隆皇帝也都非常喜欢这个孙子。有记载，乾隆八十一岁高龄的时还带着旻宁到围场打猎面见群臣，旻宁的表现都非常好，大家也都认为这个是乾隆中意旻宁的表现。而旻宁本身一目十行，从小天赐聪颖，文采非常好，这一点从后来道光帝的文章中也能看出来。所以旻宁实际上是被乾陵和嘉庆两位皇帝看中的接班人，所以也就没有错立的说法了。
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另一位有错立“嫌疑”的是嘉庆的第二位皇后孝和睿皇后，钮祜禄氏。孝和睿皇后是嘉庆皇帝的第一位皇后孝淑睿皇后死后才被册封为皇后，也是一个非常优秀的人。但是孝和睿皇后她自己有两个儿子绵恺和绵忻，所以嘉庆帝为了保护自己相中的旻宁能在日后的储位之争中胜出，可以说是费劲了心思。知道嘉庆帝暴毙的那一刻，人们才知道嘉庆帝早就在避暑山庄藏好了秘密立储的暗匣，所以等到自己百年之后，旻宁也就顺理继位成为了道光皇帝。
后来皇太后下了一道懿旨，其中有一句是说嘉庆皇帝“未及明谕”，倒像是一种无声的抗议，倒是给后人留下了许多争议的空间。