皇太极原来领有正白旗，他成为新罕王以后照例也要领有两黄旗。于是，皇太极变通了一下，他把正白旗、镶白旗换成正黄旗、镶黄旗，多尔衮、阿济格、多铎兄弟们的两黄旗转眼成了两白旗。
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这次“换旗”实际也是皇太极加强自身力量的一个重要表现。对于“三尊佛”的力度，皇太极洞若观火，必欲去之而后快。但是，凡事都有一个轻重缓急，皇太极用十六年的时间赢得储位，所以，他也需要时间来削弱乃至消灭“三尊佛”现象。
皇太极走的第一步棋是“掺沙子”，所谓“掺沙子”就是通过扩大八旗各旗头面人物的数量做到进一步化解旗主贝勒的集权。就在皇太极即立的当月，也就是后金天命十一年九月，皇太极就和诸贝勒商量，扩大八旗各旗总管旗务大臣(固山额真)的权限，总管大臣可以和诸贝勒一起共议国政，本旗的行军、围猎、出行等事务，都归总管大臣指挥、调遣。以往，后金规定议政的权力只限于身兼议政大臣名义的八旗旗主，现在皇太极把它扩大到了总管旗务大臣身上，一下子拉进来了八个人。
当然，这八个人选并不都是由皇太极一个人决定的，还要代善、阿敏、莽古尔泰等实权贝勒点头才行。除了这八个人以外，八旗原来还设立十六名佐管旗务大臣(即梅勒额真)，现在还要设每旗两名的调遣大臣，一共十六名。佐管旗务大臣辅佐总管旗务大臣，掌管刑律;调遣大臣是上传下达的角色，位在佐管旗务大臣之下。
这样算下来，八旗旗主贝勒的权力又进一步被稀释，总管大臣、佐管大臣和调遣大臣们虽然要服从旗主，可也能够对旗主原本很大的权力起到一定的制约作用，特别是十六名佐管大臣、十六名调遣大臣中多了一些新面孔，这些新人有的就是皇太极掺进来的“沙子”，这正是皇太极的深意所在。
当时(后金天命十一年九月)八旗各旗总管旗务大臣的名单如下:正黄旗纳穆泰，是开国元勋扬古利的弟弟;镶黄旗达尔汉，是努尔哈赤早期亲信杨书的儿子、努尔哈赤的女婿;正红旗和硕图，是开国“五大臣”之一的何和里之子;镶红旗博尔晋，就是那位给阿敦鸣冤叫屈的三等副将;正蓝旗托博辉，是努尔哈赤的堂叔龙敦的儿子;镶蓝旗固三泰(一作顾三台)，努尔哈赤的女婿;正白旗喀克笃礼;镶白旗彻尔格，他是开国“五大臣”之一的额亦都的第三子。
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这里的多数人都是原来该旗旗内的头面人物，像彻尔格因为皇太极的“换旗”，从镶黄旗满洲变成了镶白旗满洲，实际也是没有变化，正红旗的总管大臣和硕图是两红旗旗主代善的女婿，也就是满洲称呼的“和硕额驸”(汉人俗称“郡马”)。托博辉有点特殊，他的老爹龙敦是努尔哈赤三祖索长阿的第四子，从一开始就和努尔哈赤作对，努尔哈赤攻打尼堪外兰时，龙敦就泄漏了进军的时间。
努尔哈赤起兵之初，妹夫噶哈善是他的左膀右臂，龙敦唆使努尔哈赤的异母兄弟萨木占杀害了噶哈善。可是，随着努尔哈赤的“买卖”越做越大，身为龙敦的儿子的托博辉，转而跟随努尔哈赤，跻身到了八大臣的序列中。他们这八个人在日后的政局起伏中也是荣枯不同。总体看来，这八位总管旗务大臣主要还是和本旗旗主关系密切才得任此职的。所以，这次掺沙子因为是在皇太极初立的情况下进行的，可威力不是很大。
走出“掺沙子”的第一步，皇太极的第二步就是“挖墙脚”。其实，“挖墙脚”本来就是皇太极的拿手好戏，当年在储位之争拉开序幕时，皇太极已经在进行暗中的“挖墙脚”活动了，他拉拢进来的岳托、萨哈廉、德格类、济尔哈朗，哪一个不是其他各旗的骨干墙脚?
不过，此一时彼一时，现在政治形势有了新的变化，“挖墙脚”也有新的政治含义。那时候拉拢岳托等人是为了登上大位，现在继续笼络这些人是为了分化瓦解，前者不尽是通途可也目标一致，现在看似简单却难上加难。
因为岳托首倡“大义”，所以，皇太极即位后给岳托的酬庸也很重，他劝说代善把名下的镶红旗让出来由岳托担任旗主贝勒，代善也没有多想，自然同意。后金天命十一年十月，皇太极借口喀尔喀蒙古扎鲁特部背盟实施*，代善、萨哈廉领军前往征讨，一战获胜，萨哈廉因此受封贝勒。
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至此，当初两位首先提议皇太极即立的功臣岳托、萨哈廉都先后得到擢升。后金天聪元年五月，皇太极衔努尔哈赤宁远兵败之恨再度起兵伐明，兵到锦州城下遇阻，明军在守将的得力指挥下，再创后金军。后金军在锦州城下屯兵14天，硬是一无所获。
五月下旬，皇太极转攻宁远，此时镇守宁远的正是明朝名将袁崇焕，因为地形对后金军不利，尤其不利于开展以骑兵为主的野战，代善、莽古尔泰、阿敏都劝阻皇太极不要急于和明军展开厮杀，就军事素养来说，代善明显高于皇太极，但皇太极不听，他说:“当年父汗进攻宁远不克，如今我进攻锦州又不克，大金野战之兵尚不能取胜，日后如何张我国威?”皇太极不审时度势，空洞地把军事打击上升到政治高度上来，其目的并不全是什么“张我国威”，而是张扬他个人新罕王的权威。
皇太极督率阿济格等人带领亲军护卫亲自出战，济尔哈朗、萨哈廉等“五虎将”立刻跟上，代善等人见此情景也只好放弃主张，跟着一道冲锋。这场战役的结果诚如代善等人所料，后金军再度遭受重创，而且这一战的具体损失较之努尔哈赤宁远大败还要惨重一些。
身为觉罗宗室的大将拜山在此役中阵亡，济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达(代善之子)也受伤。同时阵亡的还有备御巴希等。这里顺便提一句，拜山的儿子顾阿岱、孙子莫洛浑后来也是死于疆场之上，有清一代，宗室之中祖孙三代沙场殉难如拜山者并不多见。如果说上次宁远大败是事前努尔哈赤骄狂的结果，那么这次宁远再败就是皇太极瞎指挥造成的。虽然战争输掉了，可皇太极还是有些政治上的收获，从济尔哈朗、萨哈廉不顾一切地紧跟自己的行动并因此摆脱了三大贝勒的干涉来看，皇太极似乎从中找到了日后收拾代善、阿敏、莽古尔泰等人的不二法门。