崇祯十七年(1644)三月十八日，李自成军队直逼紫禁城，形势万分危急，皇宫内一片混乱。陷于绝境的思宗，令太子、定王、永王出逃，以期来日再兴复明朝。从此，这几位皇子逃往何处，是死是活，成为当时一大疑案。稍后，在南明和清初又接连发生了几起“伪太子案”，使得此案愈发变得扑朔迷离。
太子下落的传闻真伪难辨
思宗共有七个儿子，到甲申之变时，太子十六岁、皇三子定王十二岁、皇四子永王十岁，其他皇子都已早逝。遵照思宗的旨意，太子、定王、永王分别前去投奔成国公、嘉定侯、田皇亲：由于时间仓促，太子来不及到成国公府，隐藏于民间。永王、定王则一起到了嘉定侯府。
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然而南京城内的官员们听说太子已到，无不欢欣鼓舞，纷纷前来拜访，向太子递送名片的人络绎不绝。当时，南京市民都传闻弘光朝廷欲绝先帝血脉。他们对于马士英把持弘光朝廷非常不满，普遍加以抵制，马士英以为太子是假的，舆论越以为是真的。因此，到最后，弘光政权虽然不承认太子的真实性，却也不敢加害太子。
南明混乱的局势，使得对马士英早已不满的宁南侯左良玉，乘机大做文章，责问：“满朝文武大臣只知道逢迎君主，不顾大体，流贼李自成尚且能对太子礼遇，不敢加害，为何一家人反倒视为仇敌了呢?明明知道穷究下去无用，为什么非要辗转追问，加以株连，使得普天同怨呢?皇上听信少数人的言论，只与二三奸臣守天下，决无此道理。”于是左良玉在发布了一通声讨宣言后，便以此为借口，打着“清君侧”的旗号发兵东下，声称是奉了太子的密诏带领队伍来救援的。
大敌当前，南明小朝廷却因为太子真伪的争议导致内讧，事态愈发不可收拾。