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在杨秀清掌权之际，太平天国的实际权力中枢不是天王府，而是东王的东殿。东殿设吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，每部十二员，共七十二员，加上属下各级文武职官，合计三千五百五十七员，组成一个庞大的中央政府。根据一份出自清廷官员手笔的报告介绍：“凡军务，群下具禀韦昌辉、石达开，谓之禀报;昌辉揣度可行，则转禀杨逆，谓之禀奏;杨贼若准，始转奏洪贼，以取伪旨。其实其事已由杨贼施行。凡紧要奏章若无杨逆伪印，洪贼不阅，故一应奏章必先送杨贼处盖印，虽昌辉自奏亦不能迳达。”而“洪逆深居简出，从无出令之事”。甚至有清廷官员以为，洪秀全实无其人，喜庆节日大殿上所坐的只是一个木偶而已。
太平天国在天京前期施行的实际权力系统，我们也用图示来表现：
在这一权力系统中，天王很像一名“虚君”(用虚线框表示)。东王才是实际上的决策者。这是太平天国的名义权力系统与神权暗结构相互嵌合的结果。从东殿具有一套完备的办事机构与制度化的奏事程序这两点来看，杨秀清的专擅，大概是得到天王的授权的。天王或许甘心于垂拱而治，而陶醉在后宫佳丽的温柔乡中;或许是在韬光养晦，准备待机而动，收回被架空的皇权。