和年羹尧的飞扬跋扈不一样的是，隆科多知道自己在雍正的即位过程中扮演了一个极其重要又说不清道不明的角色，正如后来他自己所说，“白帝城受命之日，即是死期已至之时”。这句话颇费思量。或许隆科多知道自己在最高权力转移过程中起到关键性的作用，雍正也许先会感激他，但权力稳固后，隆科多的死期也就到了。因此，隆科多在雍正即位后，尽量夹起尾巴，低调做人。
后面事态的发展也正如他所料。雍正即位后，便命隆科多与怡亲王胤祥等四人为总理事务大臣。随后，雍正又将其父佟国维在康熙朝获罪被革的公爵还给了隆科多，并亲自下令称隆科多应称“舅舅”，以后的政府公文中，凡遇到“隆科多”三字，前面都要加“舅舅”二字，这种做法实在是前无古人，后无来者。
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隆科多在兼任步军统领的同时，雍正后又命他作吏部尚书并兼管理藩院。应隆科多的请求，雍正又任命他为《清圣祖实录》和《大清会典》的总裁官。后来，雍正还曾赐隆科多双眼孔雀花翎、四团龙补服、黄带、鞍马紫辔等，可谓荣耀之至了。不仅如此，雍正公然的恭维说：“舅舅隆科多这人，朕先前未能深知他，真正大错了。此人真圣祖皇考之忠臣，朕之功臣，国家之良臣，真正当代第一超群拔类之稀世大臣也!”
对此，隆科多似乎并不以为然，他知道雍正不可能一直信任自己。虽然隆科多也贪得无厌，他在吏部的时候，照样纳贿卖官，时称“佟选”(和年羹尧的“年选”相对应)。但是，隆科多老奸巨猾，给自己留了一手。他怕雍正抄家，便早早的把家里的财产给转移到自己的亲友家里。雍正二年(1724年)，隆科多又主动提出辞去步军统领的职务，似乎懂得自我谦抑的道理。
但有时候做人太聪明了也不好。雍正显然知道隆科多的用意。假如雍正当上皇帝真的是不明不白，那他对那些有功之人和知情人在开始的时候一定会采取安抚政策，兑现各种赏赐以封住他们的口，等到雍正地位稳固后，必然要置这些人于死地而后快。这很容易理解，皇帝也怕被要挟，他们的担忧和恐惧甚于常人。想必雍正心里也清楚，“世界上只有一种人可以保守秘密，这便是死人”。既然隆科多主动请辞步军统领一职，那大家就干脆撕开面纱罢!
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年羹尧被打击的时候，隆科多也同时挨整，只是结案在后。雍正三年(1725年)五月，雍正便发动群臣谴责隆科多;当年六月，年羹尧的儿子和隆科多的儿子同时被惩。雍正四年(1726年)正月，隆科多被派往蒙古和俄国谈判疆界问题。本来隆科多在谈判中表现强硬，但后来却发生了“玉牒”之案，导致隆科多被召回，替换他的策凌在随后的谈判中做了很大让步，在后来的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》中将贝加尔湖一带和唐努乌梁海以北地区，这些原属于当时大清帝国的领土(本是蒙古人游牧的地区)，划入了俄国的版图。这不得不说是雍正的失策。
所谓“玉牒”案，是指隆科多私藏了记载皇家宗谱的玉牒，这玩意非常之神圣，“除宗人府衙门，外人不得私看，虽有公事应看者，应具奏前往，敬捧阅看”。由此，雍正以“大不敬”之罪开始整肃隆科多。雍正四年(1726年)十月，隆科多被定41项大罪。雍正说，隆科多本应处斩，看在他是先帝驾崩时惟一承旨人的份上，姑且饶他不死，就将他圈禁在畅春园的附近，让他在先帝的院外闭门思过罢!
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雍正六年(1728年)六月，隆科多死于禁所，雍正给他发放了丧葬费，待遇比年羹尧要强许多。如此看来，雍正似有隐情。如有隐情，隆科多则必为知情人。
所以说，隆科多的死，其实是因为他自己说不清。他说不清自己在雍正即位的过程中到底发挥了什么作用。如果说是决定性作用的话，那就更加死定了----没有那个皇帝愿意承认自己的皇位是靠某个下属得来的。隆科多若是忠诚的执行了康熙的遗诏，尚且不得活;如果是改诏的话，哪里还会有他的活路呢?怪不得隆科多说自己白帝城受命之日，即位死期开始之时。看来，是康熙把他给害苦了。