第一个妈妈:皇后马秀英
称朱棣的母亲为马皇后，最为广泛。 在清人朱好阳编纂的《历代陵寝备考》中有记载，“后生懿文太子、泰王樉、晋王桐、成祖、周王”。这里说得十分清楚了，朱棣为朱元璋与马皇后所生的第四个儿子。
这一说法，来源于明朝当时的史书，如《太祖实录》、《太宗实录》、《靖难事迹》、《玉牒》等。《靖难事迹》中有相同的文字:“高皇后生五子，长懿文皇太子，次秦愍王挟，次晋恭王桐，次上，次周定王。”朱棣更是亲口说过，他的母亲是皇后马秀英，“每自称曰:‘朕高皇后第四子也’”。 但也有秘史称，马皇后根本就没有生育能力，一世无子，正史上记载的包括太子朱标、燕王四子朱棣在内，几个儿子都是别人所生。马皇后采用了过去皇家最惯常的手法，把别的妃子所生育的孩子据为己出，是一出明版“狸猫换太子”。 这种说法，为朱棣的生母之谜平添了一份神秘。 第二个妈妈:朝鲜女子李氏 称李氏为朱棣生母不少人很相信，认为证据很充分。
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况且，他的依据是来源于北京一带的坊间传言(“每闻燕之故老为此说”)，而且是小时候听说的，你说这靠谱么? 另有一说，出自民国学者王謇的《孤庐杂缀》。书中记载:“往余幼从吴梦辄师恩同游，师告余曰:‘克金陵时，官军得明成祖御碣于报恩寺塔座下，其文略谓:成祖生母为翁吉剌氏，翁故为元顺帝宫人。生成祖，距入明宫仅六月耳。明制:宫人入宫，七月内生子者，需受极刑。马后仁慈，遂诏翁以成祖为马后所生。实则成祖生日，距懿文太子之生，仅十月稍强也。翁自是遂抑郁而殁，易篑前，以己之画像一帧，授成祖乳母，且告以详，命于成祖成年就国后告之。成祖封燕王，乳母如命相告。于是，成祖始知己之来历，乃投袂奋起，而靖难之变作矣!’” 王謇所记也是“听来的”，老师是听曾国藩的幕僚冯桂芬说的。这么“据说”显然不足为凭。
朱棣的生母到底是谁?现在的情况来看，马皇后和碽妃李氏最有可能。 那比较一下马、李二人，朱棣还应该是马皇后所生，因为碽妃的情况与洪吉喇氏、翁氏一样，在时间上有破绽，生育时间与朱棣的年龄对不上号的。但有人提出反对，说是在朱棣没有夺位之前，他是妃生的没有人提出异议。但在他通过政变取得皇位后，情况变了。篡位本来就是一件大逆不道之事，如果自己是妃生子，那就等于承认是庶出，而不是马皇后生嫡出。 在有嫡子的情况下，庶子是没有资格承继大位的，即皇位实行嫡长子继承制。所以，朱棣为掩人耳目，把自己标为嫡出，以证明自己的资格是可以当皇帝的，就授意史官，有意将事情搞混，以掩人耳目。