玛雅文明的消亡之所以如此惊人，不仅因为规模巨大，还因为在数十年的研究之后，考古学家仍然不清楚导致该文明衰退的原因。就像罗马帝国一样，导致玛雅文明衰亡的，可能不止一个原因。但玛雅衰退时期的自然气候条件让有些研究人员认为，玛雅文明的衰落是一次大饥荒的结果——这场饥荒的规模如此之大，足以在短时间内让城市接二连三地陷落。人们对玛雅的消亡之谜有多种解释。最常见的有外族入侵、内战、贸易路线被切断等，但在上世纪90年代早期、科学家首次整理出中美洲古代气象记录之后，有一个理论开始一枝独秀起来：玛雅文明是被一段时间的严重气候变化所摧毁的。
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有些学者认为，玛雅人对环境进行的精妙操纵，或许恰恰加剧了自然气候变化的影响，从而在他们的衰亡中助了一臂之力。例如，一些人认为玛雅人去林还耕的举动也许加剧了当地的水分蒸发，因此进一步增加了干旱期间的农产品损失。不过这个原因——或这“些”原因——是什么，至于剩下的玛雅人在衰落后面临了怎样的命运，我们还是知道一些情况的。从公元1050年左右起，玛雅人开始踏上流亡之路。他们抛弃了祖先繁衍生息的内陆地区，开始朝加勒比海、或者其它水源进发，如之前在玛雅大地上制造了点点绿意的湖泊和落水洞等。