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唐赛儿的下落有两种说法: 唐赛儿兵败后官军搜埔她不能得，怀疑她隐藏在尼姑或女道士中，于是逮捕了北京、山东等地尼姑女道士多人，送京都审问，但终未能抓唐赛儿。
唐赛儿曾被生擒，九朝野记所载:“既而捕得之，将伏法，恬然不惧。裸而缚之，诣市临刑。刃不能入。不得己，复下狱，三木被体，铁钮系足，俄皆自解脱，竟遁去，不知所终。”
至于唐赛儿是否藏于佛门，或是战死沙场，或是为人民群众保护，后人不得而知。但是直到朱棣去世，官府依然没有她的下落。几百年间，历代史学家为了寻她，皓首穷经，至今仍无定论。
