朱棣率军攻入南京城之时，皇宫发生了大火，朱棣派出去的救火队员在废墟中找了三天，也不见建文帝的踪影，俗话说的好“国不可一日无君”，朱棣这才能名正言顺的登基当了皇帝，之后官方才发布消息称建文帝是“阖宫自焚”了。
关于建文帝自焚而死的情况，《明太宗实录》中有详细的记载：
“上(指朱棣)望见宫中烟起，急遣中使往救，至，已不及，中使出其尸于火中，还白上”。
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但此后的600多年时间里，无数历史学家对朱棣用天子礼下葬建文帝的事实提出了质疑。因为如果当年朱棣真的用天子礼下葬了建文帝，那么建文帝的陵寝应该是很有规模的，那么这个很有规模的建文帝陵寝会在哪里呢?既然朱棣以天子礼仪下葬了侄儿，总该给侄儿立个像样的碑，如是，那御制碑又在何处呢?
其实在明朝末年，历史学家谈迁就对此事做过调查，他在自己的书中记载到：“金陵故老，无能指建文帝葬处……”。也就是说，明朝南京的大明遗老遗少压根儿就不知道建文帝葬在何处!
著名明史学家孟森对此给出了一个比较公正的说法，他认为当时朱棣确实是用天子礼下葬了建文帝，但不一定就建造很大规模的陵墓。这种做法也比较符合当时朱棣心里的想法，既不想承认建文帝的皇位，又想以此拉拢反对自己的大臣。正因为这样，所谓的建文帝封冢在当时肯定就不大，官方也许都没有明确记载，大明帝国的太常寺也不会认真按时祭扫，时间一长，所谓的坟茔就湮没不显了。