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1856年9月，太平天国发生内乱。主要问题发生在杨秀清同洪秀全和其他高级领袖之间。洪秀全虽是天王，但杨秀清掌握了军政实权;并常以天父代言人之名，超越洪秀全之上。韦昌辉在洪秀全的默许下(一说系奉洪秀全之命)杀杨秀清;又扩大事态，滥杀杨秀清部属多人。洪秀全在石达开起兵威胁下，杀韦昌辉，以石达开主政。但旋又对石达开心存疑忌，多方牵制，致石达开于次年带兵出走，与洪秀全分裂。此次内讧，极大地打击了太平天国，损伤了实力。1858年，洪秀全重建领导核心，提拔后起的陈玉成、李秀成、李世贤等为方面军统帅，自己兼任军师。但鉴于杨、韦、石事件，家天下思想加重，多任用年幼无知或才干不足的兄弟子侄，使领导机构的能力大为降低。1859年，任命新到天京的族弟洪仁玕为“精忠军师干王”，居于首辅地位。洪仁玕颇具政治资才，但与太平天国渊源较浅，引起宿将不服。洪秀全遂普遍加官晋爵，以团结人心，虽收到暂时效果，但却导致了各将领踞地自雄的局面。