故事得从远古时代讲起。那时候，地球上出现了最早的生物，猿猴。随着地理变迁，一部分猿猴留在了陆地，一部分猿猴住进了水里。慢慢地住进水里的猿猴双脚蜕化变成了鱼尾。人与鱼类一直和平共处，直到六百年前。这一时期，人类文明得以快速发展，尤其是航海业逐渐兴起。
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皇帝之意三宝心知肚明。船队出发，行至印度海域时，姚广孝终于发现人鱼踪迹。面对坚船利炮，纵使人鱼本领通天，终究输给了冷兵器。人鱼悉数落入姚广孝之手，就在启程回国之时，三宝偷偷告诉姚广孝，人鱼知道佛牙的下落。佛牙指的就是释迦牟尼佛未烧尽的遗骨残片的牙齿，也就是舍利。对一个僧人来说，世间恐怕难有比这更为贵重的东西了。为得佛牙，姚广孝决定依靠人鱼之力。人鱼一族遂听从三宝的建议，带领船队到达印度洋海域的狮子国(今天的斯里兰卡)，在那里取得佛牙。姚广孝想捉拿人鱼回国交差，却被三宝及时劝阻。
在之后的几次下海之后，皇帝并无所获，便下令停止出海的计划。三宝最后一次出海前说如果自己以身殉国，还望善待其家人，不料真的再也没回来。消息传回国后，皇帝厚待其家人。并下令翻阅查看七下西洋的航海记录，以期找到人鱼线索。不料三宝航海资料凭空消失，加之朝中再无卓越航海家，皇帝遂作罢。而在遥远的印度洋某个角落，三宝继续将毕生所知教给人鱼一族，以保族类平安。