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徐致靖以为轮到自己了，穿戴好衣帽，做好就刑准备，谁知拉出去的却是立三，被送往菜市口斩首。徐致靖懊悔地对乔树楠说：“早知如此，我不该把他的病治好，也免受一刀之苦。”当时枭首菜市口的还有吏部左侍郎许景澄、太常寺卿袁昶、内阁侍读学士联元等大臣，他们皆因抗疏谏阻纵信义和拳，反对盲目向十一国开战，被慈禧下令斩首正法，可见慈禧昏庸残暴到何等地步。
八国联军攻占北京，慈禧慌忙逃往西安，洋兵在城里烧杀抢掠，无恶不作，全城陷入无政府状态，监狱也被打开，犯人全部放走。徐致靖还是坚持不肯出狱。乔树楠来告知：“从明天起我就不来了，而且狱里的伙食明天也停了，我已通知你家人来接你出狱。”这样，徐致靖才从刑部狱中出来。1917年6月，安徽督军张勋率领辫子军(定武军)五千人进北京，解散国会，逼走总统黎元洪，与康有为合谋，于7月1日拥戴废帝宣统复辟。这一闹剧只进行了十二天就彻底垮台。
先前，康有为曾来看望徐仅叟，谈起有人主张清皇室复辟，徐仅叟当即批评说：“你是在说梦话！”这年六月，他听说康有为到了北京，参加复辟闹剧，而且将担任弼德院副院长，极其气愤，专门写了一封长信，规劝康有为离开北京，不要参加复辟活动。然而，信送到时康已任职，徐仅叟愤慨不已，昔日患难与共的老友竟然如此不明事理，违背历史潮流，实在有损戊戌维新派的声誉，他深感痛惜。为此事徐仅叟一腔怒气无法排解， 竟一病不起，第二年春天与世长逝。开吊那天，康有为竟也寄来挽联，词意十分沉痛。