学者们一般认为，公元前31年的亚克兴海战之后，克娄巴特拉已经陷入绝境，她手中已经没有任何可以用来讨价还价的砝码。有人认为，她甚至提出把王位让给儿子。这当然是屋大维无法接受的提议，他作为恺撒的养子怎么会让恺撒的亲生儿子掌握埃及的王权，这样做无疑于放虎归山。无奈之下，克娄巴特拉选择了自杀。根据古典作家的记述，克娄巴特拉自杀身亡让屋大维非常恼火和扫兴，因为他曾经计划把她作为战俘带到罗马示众。这种说法受到越来越多的学者的质疑。因为，克娄巴特拉曾经是恺撒的情妇，屋大维作为恺撒的养子如此对待克娄巴特拉，是否会受到所有罗马人的称许?其次，暂且不说示众途中可能会发生意外，示众之后又该如何处置克娄巴特拉?再次，以这种方式羞辱克娄巴特拉不利于罗马日后统治埃及。对于屋大维来说，迫使克娄巴特拉自杀无疑是上策，对罗马人还是对埃及人都好交代。在罗马士兵包围和监视的情况下，克娄巴特拉能够让人把毒蛇带入宫殿并借助它的毒液结束自己的生命，实属难事。显然，这个难于想象的故事只能是屋大维出于政治目的令其文人虚构而成。古典作家维里乌斯声称，屋大维从未杀死也未曾下令杀死反对过自己的人。早在1885年，德国东方学家内尔德克就驳斥了这类奉承话的虚假性。他认为，是屋大维谋杀了克娄巴特拉。
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暂且不谈屋大维杀害了多少对手。考古学家的发掘工作正在把古典作家美化屋大维的多层外衣一层一层地揭开。不久前，意大利研究人员发掘并复原屋大维生前的宅邸，遗址的总面积达24000平方米，完全达到了豪华宫殿的规模。发掘人员不仅发现了大理石和马赛克，而且还复原了做工精致和色彩鲜艳的湿壁画。然而，罗马帝国时期曾经主管过宫廷档案的苏埃托尼乌斯说，屋大维的住所面积不大，里面没有任何豪华的装饰，既没有大理石，也见不到马赛克。无论冬夏，屋大维40年如一日住在同一个简陋的卧室里。可能是受这些奉承话的影响，德国历史学家基纳斯特曾经断言，屋大维是整个人类历史上最无私的政治家。但屋大维并非不食人间烟火者。亚克兴海战之后不久，极力为屋大维唱赞歌并诋毁克娄巴特拉的普罗佩提乌斯写下了如下憧憬良宵并谴责骨肉相残行为的文字：
在这样的夜晚，我们每个人都可以成为神仙。假如我们当初都愿意过一种半依着畅饮醇酒的生活，就不会有可怕的利剑和战船;亚克兴的海就不会淹没无数同胞的骨肉，罗马也不必因为用昂贵的代价换来的胜利而哀哭不止。
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英国学者塔恩认为，屋大维是优秀的宣传家，他善于利用民众的情绪，不至于把理想与现实混淆。他很清楚，一旦他真的把克娄巴特拉掳到罗马示众，民众尤其是那些暴民极有可能对克娄巴特拉这个“罗马公敌”做出让他意想不到的事情。克娄巴特拉活着，对他后患无穷。作为罗马贵族、政治家和未来的皇帝，屋大维既要避免有杀死克娄巴特拉这个落败女王的嫌疑，也不能让罗马市民责怪他未能满足他们观赏克娄巴特拉被游街的强烈愿望。迫使克娄巴特拉自杀是唯一的出路。正因为如此，当屋大维回到罗马的时候，凯旋队伍中的一辆车拉着表现克娄巴特拉的雕像，而且雕像的一只胳膊上雕刻了一条毒蛇。一切都做得天衣无缝，克娄巴特拉用毒蛇自杀一事从此以后便成为千真万确的事实。
克娄巴特拉借助毒蛇结束了自己的生命。接下来的问题是，是一条蝰蛇还是一条眼镜蛇。因为眼镜蛇被古埃及人奉为神圣，多数人相信克娄巴特拉就是使用了这种蛇。这一奇特的死法让后人嘘唏不已同时也浮想联翩。单从表现克娄巴特拉这一自杀题材的著名画作不下百幅这一事实便可略见一斑。普鲁塔克详细记述了克娄巴特拉自杀的场景。他写下这些文字的时候，距离克娄巴特拉死亡已有100多年。据说，普鲁塔克祖父的一位朋友曾经是安东尼儿子的侍医，这位侍医因而认识克娄巴特拉的御厨。假如传递信息的这个渠道确实存在过，我们没有理由怀疑普鲁塔克，正如有一位历史学家非常幽默地说，一个伟人在自己屋檐下的所作所为，他的贴身仆人要比后世的大历史学家了解得更清楚。在普鲁塔克的笔下，克娄巴特拉自编自演了一部悲剧。她让人把一条毒蛇放在装满无花果的篮子里，以便躲过屋大维手下士兵的盘查。当她打开果篮的盖子时，蛇咬了她的胳膊，所有的一切便由此了结。让事情变得复杂的是，普鲁塔克又说，克娄巴特拉平时在她的梳子上藏有剧毒，他最后又加了一句更加意味深长的话：“事情的真实经过没人知道。”
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近来，多位喜欢穷原竟委的德国学者从多个角度对毒蛇咬死克娄巴特拉一说进行验证。法兰克福大学法医中心毒物学专家梅布斯说，眼镜蛇是变温动物。在埃及，夏天的气温可以达到40多度，在这种情况下，神不知鬼不觉地在卫兵的眼皮底下把它带入克娄巴特拉的寝宫绝对不可能。另外，根据普鲁塔克的说法，克娄巴特拉之所以选择眼镜蛇，是因为人一旦被它咬伤，便会变得麻木，没有痉挛症状，几乎是在沉睡中死去。而梅布斯则认为，埃及眼镜蛇的毒液攻击人的末梢神经系统，而不是人的大脑。受害者的第一症状是呕吐，并且在意识清醒的状态下遭受剧痛，时间至少持续半个小时，有时甚至达几个小时。他还补充说，古埃及的御医完全有能力及时处置被蛇咬伤的患者。
有关克娄巴特拉的容貌，她的鼻子和身材，以及她的死因和死法的争论持续了近两千年。这些问题似乎越争论变得越复杂，有人可能会问，克娄巴特拉死后究竟葬在何处?如果
找到她的尸体，许多问题便会迎刃而解。普鲁塔克说，克娄巴特拉与安东尼被合葬在亚历山大城内距离宫殿不远的一座坟墓，还说附近有一座伊西斯神庙。迪奥更进一步说，克娄巴特拉生前就在宫廷院落修建了陵墓。如果相信这些古典作家的说法，那么克娄巴特拉的尸体应已随着其坟墓在很久以前发生的地震和海啸中沉入海底