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战争的第一阶段是朱棣的军队节节胜利，建文帝这边由于经过朱元璋大肆屠杀功臣几乎没有可以与朱棣匹敌的人才，所以节节败退。不过这个阶段双方力量悬殊，朱棣的胜利也付出了很大的代价。
第二个阶段是建文帝的军队取得了一定胜利，使得朱棣能够守住的地方只有北平、保定、永平三个州府而已，甚至有一次朱棣差点被活捉，还是靠着其他藩王的救援才脱离了险境。
第三个阶段是朱棣听采取直捣南京的战略，直接拿下南京而取得了这场靖难之役的胜利。同时建文帝也下落不明，有人说郑和下西洋的目的之一就是寻找失踪的建文帝。
总的来说靖难之役争的都是朱家的江山。