崇祯三年，镇守边关的辽东巡抚袁崇焕被以“谋叛”大罪论死。“八月，遂磔崇焕于市，兄弟妻子流三千里，籍其家。崇焕无子，家亦无余赀，天下冤之。”(《明史 列传147》)这是继南宋赵构冤杀岳飞之后历史上最令人扼腕叹息的一起令亲者痛，仇者快的自毁长城冤狱，其回响会伴随中华历史，即使千年也依旧余音袅袅，让人悲愤痛惜。
袁崇焕坐的是叛逆罪，所谓“磔”即是分尸，比之岳飞遭遇更惨。赵构杀岳飞，虽为求苟安，毕竟是其私心作祟。而崇祯杀袁崇焕，则是地地道道的自毁长城，“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”
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《明史》载：“会我大清设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官知之，阴纵使去。其人奔告于帝，帝信之不疑。”这就是说，杀袁崇焕是后金皇太极的反间计。反间或有之，但实际未必是袁崇焕的死因。袁崇焕下狱是崇祯二年十二月，处斩是三年八月，中间有近九个月的时间，如果要慎重审讯，反间不难破解。崇祯虽偏狭，但并不昏庸，对国事也不是不了解。京都危机无需仔细分析就可明白与辽东防线无关，这根本是基本事实。然而，崇祯痛恨的是袁崇焕戍边以来，未曾为他分忧，尽管辽东稳固，但清军依然可以大模大样的绕过山海关骚扰边境。五年平辽的诺言看来是不实之词。这是对大臣要求苛刻的崇祯所不能容忍的。
此外，后金居然兵临京师，引发了朝野的骚动、惊恐和不安，所以这等奇耻大辱必需一个罪不可赦的替罪羊来平息，否则天朝面子何在?此事之后，袁崇焕因和议曝光而广受非议，对辽东局势，当时朝野虽有危机感，却并未真正警醒，始终停留在战事不利始于将帅无能的旧思维方式上，恰恰和议对如此的一个依旧狂妄自大，目中无人的的王朝是最难以启齿的羞耻，这是最后一个祸根。
凌迟处死?被冤杀的袁崇焕
有此六因，袁崇焕的悲剧就在所难免的发生了。应该说，崇祯也未尝没有过思想斗争，但性格因素让他更愿意以妄想和猜疑了结。事后，崇祯为自己辩护说：““朕御极之初，摄还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，因协民艰，廉通者又迁疏无通。己已之冬，京城被攻，宗社震惊，此士大夫负国家也。”
不过，尽管群情往往偏激一时，但事实不会因此被长久扭曲。袁崇焕死后，“天下冤之。”崇祯非昏君，也在不停地反省，只不知他对冤杀袁崇焕是否也有过一丝悔意。崇祯八年八月、十四年二月、十五年闰十一月、十七年二月，崇祯先后四次下诏罪己。后来更一度避正殿，居武英殿，减膳撤乐，如不遇典礼之事，平日着黑衣理政，与将士共甘苦，至“寇”平之日为止。可惜一来时局已不可挽回，二来个人心理偏激，既刻薄又猜疑，无法建立起同心同德的政治集团，始终觉得满朝无人，群臣负我。就这样在孤寂痛苦之中走到了277年的朱家大明王朝的终点。