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明帝时，北匈奴又一再侵扰边郡，汉联合南匈奴及乌桓兵连续进击北匈奴。北匈奴一再被击败。章和元年(公元87年)，北匈奴为鲜卑所破，北单于被杀，北匈奴58部降汉。永和元年(公元89年)汉以东骑将军窦宪，征西将军耿秉发汉和南匈奴4万余骑，分三路击北匈奴于稽落山(今内蒙古西北部)，单于逃遁，北匈奴81部20余万人投降，窦宪和耿秉登燕然山(今内蒙古杭爱山)，去塞三千里，刻石纪功而还。从此，北匈奴就从中国古书中消失。
东汉末年(187年)，黄巾起义，中原内乱，军阀混战，南匈奴发生内訌。195年，南匈奴参与了中原混战，东汉大学者蔡邑之女蔡文姬被掳掠去匈奴。202年，南匈奴首领归附汉丞相曹操，蔡文姬归汉。曹操将南匈奴分成五部。每部择立贵族为帅另选汉人为司马对其进行监督。同时曹操还把并州的下层匈奴人编入汉族。这样，南匈奴上下完全编入曹魏政权，中国北方完成了实际的统一。
“五胡十六国”时期，匈奴后裔刘渊(刘渊是一位汉化极为彻底的人。字海，南匈奴单于于扶罗之孙，匈奴左贤王刘豹之子。)利用下层奴隶反抗情绪，建立了“后汉政权”。公元460年，匈奴贵族刘渊建立的“汉政权”覆灭。匈奴后裔汉化，融入华夏民族。这个在中国和世界范围活跃了500年的大漠苍龙消失在浩淼的历史长河中。
6世纪的突阙人，以及成吉思汗的蒙古人中可以看到匈奴人后裔的影子。