说到秦始皇就一定要说到秦始皇“焚书坑儒”这件事，这件事让秦始皇可谓是臭名昭著，公元前213年和公元前212年焚毁书籍、坑杀犯禁者四百六十余人。对于“焚书坑儒”这个事件学术界一直有不同意见。主流的意见认为，秦始皇坑的是儒生，但也有人认为，秦始皇并未坑儒，他坑的是一些江湖术士。那么焚书坑儒中秦始皇活埋的都是些什么人?
秦始皇建政，视天下为刍狗，荒淫暴虐，民不聊生。特别是“焚书”事件，引起了读书人的强烈不满。有两个儒生，一个姓侯，一个姓卢，《史记》称之为侯生、卢生。这两个人私下议论说：“始皇为人，天性刚戾自用，灭诸侯，并天下，意得欲从，于是便自以为自古以来的圣贤谁也比不上他。他高高在上，听不到批评之声，日益骄横;官员们为了讨好他，只能战战兢兢地说谎欺瞒。法律规定，方士之术不灵就要被处死。如今方士三百人，都是因为畏惧而献谀，谁也不敢指出始皇之过，天下之事无论大小皆取决于皇帝，他竟以秤来称量大臣们的上疏，大臣们呈上的疏奏(竹简)每天不足一百二十斤，谁也不能休息。像这样贪揽权势的人，我们不能为他求长生不死之药。”
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西汉始元六年(前81年)，桑弘羊在著名的盐铁会议上舌战群儒，道：“诸生阘茸无行，多言而不用，情貌不相副。若穿逾之盗，自古而患之。是孔丘斥逐于鲁君，曾不用于世也。何者?以其首摄多端，迂时而不要也。故秦王燔去其术而不行，坑之渭中而不用。”
在桑弘羊的眼里，儒生们只知夸夸其谈而不切实际，表里不一，就像那些鸡鸣狗盗之徒一样，自古以来就是祸害。因此鲁国国君将孔丘驱逐，弃之不用，就因为他首鼠两端，貌似圆滑其实迂腐，并没有切合实际的主张。所以秦始皇才烧掉儒生们的著作而使其言论不得传播，宁愿将他们活埋也不任用。
之后，刘向在《战国策序录》中明确说明秦始皇“坑杀儒士”。
出现于魏晋时期的伪《古文尚书》有篇“孔安国序”，序中说：“及秦始皇，灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。”这大概是“焚书坑儒”一词的最早出处。
正因为“坑儒”一说最早出现在西汉时期，所以许多人便替秦始皇翻案。如章太炎、顾颉刚等人，认为秦始皇并没有坑过儒，他坑的其实是“方士”。
司马迁在《史记·儒林列传》中的确说秦始皇“焚诗书，坑术士”，而且还透露诽谤秦始皇的侯生与卢生并非儒士，而是两个专门替秦始皇寻找长生不老药的“方士”。况且，“坑儒”是秦始皇去世一百多后才出现的说法，于是有人说“坑儒”应是西汉文人出于对秦始皇暴政的愤怒而强加给他的不实之词。