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李莲英和历史上许多大权在握的太监不同，他并不是那种作威作福的人。李莲英在宫中当差的时候，下面的太监、宫女如果不小心犯了什么错，他还会在慈禧面前给这些人求情。在平时的处事上，李莲英也是谨小慎微，从不仗势欺人。因此，宫里上上下下的人对李莲英的口碑都很好。这样的人，一般不会有血海深仇的仇家。
还有种猜测，说李莲英是死于革命党人之手，这种说法也不太靠谱。因为，当时李莲英已经从宫里退休了，对朝政已毫无影响力。革命党人根本没必要去杀死一个风烛残年的老人。
此外，也有传言说李莲英是在去清东陵拜谒慈禧后，回程中遭遇土匪被杀的。但虽说遇到土匪被杀是有可能，不过土匪杀人没必要砍下他的脑袋吧!
李莲英过继的孙女李乐正对外宣称说祖父死于痢疾，可李莲英死于1911年3月4日，正是初春季节，而痢疾多是在夏秋季节才会发作的。所以，这一说法很可能是想隐瞒什么事情。总之，关于李莲英的死因，至今仍是一个谜。但从李莲英墓中只有一个头颅的情况来看，李莲英绝非正常死亡。