崇祯十七年(1644年)，李自成在西安称帝，国号大顺，并攻克北京，崇祯最终不堪受辱，在煤山自缢。同年，史可法等人在南京拥立福王朱由崧，建立南明弘光政权。不久后，清兵进攻李自成，占领北京，攻克大顺军。第二年，清兵进攻南明，同年五月占领南京，七日后俘获弘光帝朱由崧，弘光政权灭亡。
南明建立初期，在武汉、江淮一带均有驻军，再加上各地明朝残余势力和地主武装，总共有近百万军队。也就是说，南明此时不仅拥兵百万，占据半壁江山，并且还拥有一年的喘息时间，为何不能像南宋一般得以存活上百年，而是在不到一年的时间就覆灭了?
这得从南明的朝局说起，崇祯在位之时，曾经提出南迁至南京的想法，但却为百官反对。后有官员提出，派遣太子南迁，将南京作为陪都，以防万一，却也被内阁首辅反对，同时崇祯帝也由于多疑，怕太子因此篡位，因此作罢，最终的结果自然是，崇祯和太子均在李自成攻破城池之时，死于北京，而南京的朝臣无首，谁为帝王，便成了南京政权所争议的问题。
此时南京的官员大部分属于东林党，他们主张立明神宗之侄朱常淓为帝，而非正统的福王。最终在马士英的计策之下，史可法和东林党人无奈只能立福王为帝，但也因此埋下了祸端。福王登基后，厚待辅佐自己的人，却对东林党怀恨在心，终究导致朝局不稳。大将史可法自请出镇扬州，江北诸镇的军队更是自恃功高，无人可以控制。最终导致明朝的国库空虚，地方大将拥兵而无作为，且心有鬼胎。
国库空虚，政局不稳再加之无可用之将才，战胜大顺或者清兵已无可能，况且，此时的弘光政权只提出了“讨贼、复仇”的口号，并将矛头对准李自成，反而忽略了入关的清兵。而此时的清兵一边假意与南明共同攻打大顺，一面收买、诱惑以及拉拢南明官僚，使其产生了和谈且偏居南方的想法，于是，南明众人便开始了醉生梦死的安逸生活。
清军进攻南明政权之后，不久便夺下徐州，此时南明政权已经危在旦夕，但防守江北的几大军队却还在为自己争抢地盘而内斗，最终导致部分军队投降，而南京朝廷内部也是风波不断。
当时形势危急，马士英还在不断与东林余党内斗，清军到达扬州城下之时，史可法曾请兵支援，却为马士英以“宁可君臣皆死于清，不可死于左良玉”之语拒绝。扬州无兵，没几日便被攻破，史可法被俘，就义而亡，扬州人民奋起反抗却遭屠杀。此时的南明政权彻底失去了民心，扬州被占领不久，清军便横渡长江，占领南京，逃跑的弘光帝也被降清的刘良佐所俘以请赏，自此南明政权土崩瓦解。
因此，我们不难看出，朝局不稳才是导致南明政权最终覆灭的最根本原因。