降清论认为，吴三桂返回山海关后，主动与清军联系，并剃发称臣，献出山海关。在“一片石”和清兵合兵一处打败了农民军，并奉清朝的命令一路追杀农民军。在清王朝后来追削吴三桂爵位时也称：反贼吴三桂在走投无路时前来归顺，世祖皇帝接受了他的投降，并让他继续统领军队，也认定吴三桂是来归降。
再者，吴三桂引清兵入关虽打着“为明王朝报仇”的幌子，但一旦得手，就把“复明”的假面具撤掉，露出他狰狞的真面目，向清廷上奏著名的“三患二难”之疏，鼓吹对明王朝残余势力“及时进剿，以净根株”并对缅甸王施以重压，迫使其交出逃亡缅甸的南明永历帝。不顾永历帝的苦苦哀求，残酷地将永历帝及皇子宫眷数十人绞死在昆明的蓖子坡。可见他对清廷是多么的“忠心”。
未降论者也有一番理论，他们认为吴三桂是联清抗李，甚至是联清复明。认为在当时的情况下，吴三桂的军事力量难以独撑一面，只有联合一方才能站住脚，吴三桂为了自己的私利，悲剧性地选择了联清抗李。在与多尔衮的来往信函中吴三桂致书说“我国与北朝(清朝)通好二百余年，今无故遭国难，北朝应恻然念之……速选精兵，三桂自率所部，合兵以抵都门，灭流寇于宫廷，示大义与中国，则我朝之报北朝，将裂地以酬”《清世祖实录》。
信中只说借兵联合打击农民军，事成之后将割地酬谢。并没谈投降之事。持此论者还提出，山海关战后，李自成败退永平，吴三桂派人议和，提出：“约自成回军。速离京城，吾将奉太子继位”并传帖至京，言义兵不日入城，凡我臣民为先帝服丧，整备迎候东宫”，由此看来。在当时吴并没有降清。否则，清廷也不会允许他这样做。事后的发展是多尔衮足智多谋，不让他有进京“复明”的机会而令他西行“追贼”。吴三桂兵力单薄，难以驾驭形势，只好听命于清廷指挥，成为清朝的番属。
不管吴三桂的初衷如何，但他所作所为说明，他是一个极端自私、虚伪反复无常的无耻小人，历史罪人这顶帽子他是永远摘不掉的。