1367年，明太祖朱元璋统一江南后，决定北定中原、南略沿海，全面驱逐蒙元。
洪武元年(1368年)，明军出师汴梁，收复河南山东地区，随后进军大都。元顺帝携太子、后妃出健德门，由居庸关逃往上都开平(今内蒙古多伦西北)。洪武十四年(1381年)，傅友德、蓝玉、沐英出师征云南，翌年二月，大军攻下大理，蒙古梁王自缢，云南全境悉平。洪武二十年(1387年)，冯胜、蓝玉、傅友德举征讨东北，元丞相纳哈不敌降明，东北的割据势力被消灭。洪武二十一年，蓝玉在捕鱼儿海(今贝儿湖)，杀元太尉蛮子，元主脱古思帖木儿在逃亡途中为部将所杀。
经过20年，明朝于1388年实现统一大业。
捕鱼儿海一战后，元朝残余北逃，1402年鬼力赤篡夺政权建立鞑靼，再也没有元这个朝代了。元朝灭亡后，蒙古分裂为漠南蒙古，漠北蒙古，漠西蒙古。
明成祖朱棣发动了五次亲征，把蒙古势力赶到了大漠以北，巩固了对中原的统治。明代疆域囊括汉地，东北抵日本海、外兴安岭，北达戈壁沙漠一带，西北至新疆哈密，西南临孟加拉湾，并在青藏地区设有羁縻卫所，征服安南，明代极盛国土面积约达997万平方公里。
元朝的疆域，包括吐蕃、中书省、辽阳行省、甘肃行省、陕西行省、河南江北行省、湖广行省、四川行省、云南行省、江浙行省、江西行省都被明朝收复。
然而，明朝却没能收复元朝的岭北行省，这个行省位于蒙古大漠以北，首府是和林。
1235年，蒙古窝阔台汗建都和林，即今蒙古国中部鄂尔浑河上游，这里是蒙古高原的中心地带。1260年，留守首都和林的阿里不哥即大汗位，据有漠北。忽必烈在开平城也自立为大汗，据有漠南。经过4年的争位战争，忽必烈获胜，迁都于燕京，建立元朝。
元朝建立以后，蒙哥的后裔、阿里不哥以及窝阔台孙子海都等所统率蒙古部都位于漠北，忽必烈时期，这些藩王时常叛乱。1268年，海都发动叛乱，建窝阔台汗国。1289年，海都攻和林，忽必烈亲统大军北上征讨，海都势力被驱出阿尔泰山以外。元成宗时期，海都战败死于退军途中，1306年，其子察八儿率部归顺元朝。
元武宗时期，1307年设立和林行省，后改名为岭北行省，主要管辖漠北蒙古诸王及各万户﹑千户。行省东至哈剌温山(今大兴安岭)，接辽阳行省;西至也儿的石河，接钦察汗国和察合台汗国;南隔大漠与中书省和甘肃行省辖境接界;北至北海(今西伯利亚北部)，凡服属元朝的林木中百姓均归统辖。
明太祖明成祖时期压着蒙古打，却没能收复漠北行省。明朝中期以后，蒙古各部逐渐南下成为大患。
明朝后期，满清于1624年征服蒙古科尔沁部，1636年征服察哈尔部并，此后又陆续降服了蒙古各部落，平定了准噶尔部叛乱。
1733年，清朝设置漠北蒙古，由乌里雅苏台将军管辖，为省级行政区。1761年，置库伦办事大臣，土谢图汗部与车臣汗部民政事务改由库伦办事大臣管理;同年，置科布多参赞大臣管理科布多地方。
清朝灭亡后，1911年12月28日，外蒙古宣布“独立”。1919年夏，西北守边使徐树铮率军进入外蒙古，恢复了领土主权。直皖战争发生后，徐军主力从蒙古调回关内参加军阀混战。
1921年2月3日，蒙古温甘伦的部队击溃了中国驻军，占领了库伦。7月10日，蒙古君主立宪政府正式成立。从此后，漠北蒙古不再是中国一部分，到现在还是中国的痛。