明代末年，宫廷接连发生离奇的三大案与神宗、光宗、熹宗祖孙三人密切相关，也和朝廷派系斗争紧紧纠缠在一起。三案成为明末政坛关键，各种势力纷纷介入，案件无法正常审理，因此变得扑朔迷离。著名的“红丸案”便是其中之一。泰昌元年(公元1620年)八月二十九日，在乾清宫，明光宗召见辅臣方从哲等13员文武大臣。诸臣向皇帝请安过后，皇帝开始询问册立皇太子之事。方从哲说：“应当提前册立皇太子的日期，完成贺礼，皇上也就心安了。”光宗又让皇长子出来见大家，看着他对大家说：“你们日后辅佐他，务必使他成为历史上尧舜那样的圣帝贤君，朕也就心安了。”方从哲等人还想说什么，光宗却开始问道：“寿宫(神祠墓地)修没修好?”辅臣回答说：“先帝陵寝已经修好，请皇帝放心吧!”光宗指着自己说：“那就是朕的寿宫吗?”方从哲等人齐声回答：“祝皇帝万寿无疆。”皇上仍然叮咛不止，反反复复，语无伦次，最后上气不接下气地哭泣着说：“朕已经自知病重，难以康复，或者不久于人世。”说到这里，已是气息奄奄，用颤抖的手勉强挥一下，让众臣退朝，方从哲留下。
皇上问方从哲道：“有鸿胪寺官(掌礼仪之官)要进药吗?人在哪儿呀?”方从哲回答说：“鸿胪寺丞李可灼，说有仙丹妙药，臣下不敢轻信。”皇上听后，命宫中侍人立即传唤李可灼到御前，给皇帝看病诊脉，等他谈到发病的原因以及医治的方法时，皇帝非常高兴，命令进药，让诸臣出去，并令李可灼和御医们研究如何用药，一直定不下来，辅臣刘一说：“我有两乡人同用此丸，一个失效，一个有效，此药并非十全十美。”礼部官员孙如游说：“这药有用与否，关系极大，不可以轻举妄动。”没过多久，又有一位老奶妈来到御前，向皇帝问安。皇上催促众人配药，诸臣又回到御前，李可灼将药物调好，进到皇上面前，皇上从前喝汤都喘，现在服了李可灼的药，就不再气喘了。皇上反复地称道李可灼忠心可鉴。诸臣在宫门外等候。约一个时辰过后，有宫中内侍急报说：“圣上服药后，四肢温暖，想进饮食。”诸臣欢呼雀跃，退出宫外。李可灼和御医们留在宫内。到了傍晚，方从哲放心不下，又到宫门候安，正遇见李可灼出来，急忙打听消息。李可灼回答说：“服了红丸药，皇上感觉舒畅，又怕药力过劲，想要再给服一丸，如果效果好的话，圣体就能康复了。”诸医官认为不宜吃得太急。但皇上催促进药非常急迫，众人难违圣命。众臣即问服药后的效果如何?李可灼说：“圣躬服后，和前一粒感觉一样安稳舒适。”方从哲等人，才放心离开。谁曾想次日早晨，宫中紧急传出圣旨，召集群臣速进宫。一时间，各位大臣等慌忙起床，顾不上洗脸漱口，匆匆地穿上衣服，急奔宫内。但是当群臣将要跑入宫中时，就听传来一片悲哀哭号之声，明光宗于早晨归天了。这是大明泰昌元年(公元1620年)九月初一日。
对于这突如其来的变故，满朝舆论哗然，在感到惊愕的同时，人们联想到新皇帝登基一个月来的遭遇，不约而同地都把疑点转到了郑贵妃身上。郑贵妃给太子献美女，指使崔文升进药，大家有目共睹，但李可灼是否受她指使，却没有实据。本来，光宗当时已病入膏肓，难以治愈，但因为吃了江湖怪药，事情就变得不简单了。最后，此案不但追查到郑贵妃，而且方从哲也被迫辞职，李可灼被充军，崔文升被贬放南京。但究竟幕后有主使吗?到底是谁?现在也不得而知。