公元1368年，朱元璋在击败陈友谅和张士诚等农民起义军后，建立了大明王朝，经过数十年的悉心治理，大明王朝已经从元末的战乱中恢复过来，此时的朱元璋最放心不下的就是自己的皇太子朱允炆，朱允炆虽然博学多才，但骨子里却善良软弱，相比朱允炆的善良软弱，朱棣却是野心勃勃，而且在跟随自己打天下的过程，朱棣也是战功赫赫，虽然自己在位的时候朱棣会臣服于自己，但是一旦自己死后，朱允炆将很难镇住朱棣，为了为朱允炆的皇位清除障碍，朱元璋在临死前特意为朱允炆留下了一道密诏。
在密诏中，朱元璋说了这样九个字：“削藩王，保天下，诛朱棣”，朱允炆看了看密诏的内容，甚是疑惑，朱棣可是自己的叔老子啊!朱元璋为什么让自己诛杀自己的叔老子呢?对于生性软弱的建文帝来说，想让他杀掉朱棣比登天还难，曾有大臣劝谏朱允炆及时除掉朱棣，但是朱允炆却犹豫了，而朱允炆也将为他的仁慈付出代价。
朱允炆即位，为巩固权威，采取齐泰、黄子澄的建议，下令削藩。这惹怒了朱棣，于是朱棣以齐泰、黄子澄为奸臣，必须勤王铲除为由，提出“清君侧”的口号，发动了“靖难之役”，篡夺了帝位。
洪武三十一年，朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆即位，是为建文帝，号明惠宗。由于朱元璋已死，建文帝最大的依仗就没有了，所以纷纷蠢蠢欲动，欲夺权篡位。而建文帝也不能小看，一上任，首要就是削藩降权，将他的那些叔叔全部打下马了，除了燕王朱棣。
几十年的培植，加上朱棣本就不是庸人腐儒，所以权势可说滔天，忠心者为数众多。所以建文帝就只能将他“派驻”塞外，以此来架空他的位子。这一行为将燕王朱棣激怒了。随即，朱棣决心反君。
朱元璋还在位时，恐权臣篡位，为保朱氏江山，规定藩王有铲除奸臣和举兵清君侧的权利，并在其所著在《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”朱棣深谙其道，便也以此为理由，栽赃指齐泰、黄子澄为奸臣，必须讨伐诛奸。美其名曰“靖难”，这也是历史上著名的朱氏皇家内乱“靖难之变”。
朱棣上位后，因其多年戎马生涯，脾性暴躁，用了与朱允炆截然不同的方式巩固权威，那就是大杀四方。不仅将一开始就作为“诛奸”的目标黄子澄五马分尸，还将齐泰株连九族。凡是朱允炆的旧部忠臣一个都没放过。
且朱棣在对付这些拥护朱允炆的权臣上，手段可以说是无所不用其极，生煮、油炸、剥皮、炮烙........很多当时极有声望的权臣都横遭惨死。比较有名的就是方孝孺了，可以说是史上被皇帝“诛十族”第一人。
说起来，这个方孝孺虽是大儒，但也是腐儒，朱棣是再三容忍方孝孺的，并且还多次提醒他要回避。但是方孝孺不肯，顶针到底，于是朱棣大怒，下令株其十族，还让方孝孺在旁看着，连杀三天三夜。方孝孺本宗、妻子一系，朋友学生847人尽被诛杀，而方孝孺依然脸色不变，最后被朱棣凌迟了。
诛十族的先河开了之后，第二个被诛十族的也来了，他就是景清，因为想要刺杀朱棣败露，被朱棣诛十族，最后剥皮楦草。而兵部尚书铁铉也惨遭油炸。可以说朱棣手段残忍至极，并且对待女子也丝毫不手软。
据传说，朱棣有一宠妃权氏，是朝鲜高丽王进贡的美女，能歌善舞，艳丽非常，朱棣宠而爱之，时常带在身边，就连出征也随身带着。不料永乐八年，权氏随朱棣率兵北征，死于归途，朱棣痛泪。
班师回朝后，被宫人告知是宫中吕妃命人用砒霜害死了权氏。朱棣怒极，也不纠察事实，兴师问罪，直接将吕氏活活烙死，受吕氏牵连，亲朋好友宫女株连数百人。永乐十八年，原本要被朱棣册立皇后的王贵妃暴卒，朱棣伤心欲绝。恰巧此时，又被密报宫妃贾吕同鱼氏私通宦官，朱棣大怒，下令彻查，竟然就出了多年前他们陷害宫妃吕氏的秘闻。随后，贾吕、鱼氏自杀，朱棣犹怒，下令鞭尸。
因为牵扯太广，况且还间接说明了十年前处死吕氏是朱棣昏庸。余怒难消的明成祖便揪出宫中宦官拷问，这群人被逼急，大骂朱棣“性无能”，这下是真把朱棣惹急了，牵连了宫内3000多名侍女内官，多数还是屈打成招的，并且全部被活剐。
朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了，这手段可谓是残忍至极。朱棣在位期间一直都在找机会洗白自己，但所做的事情天下有目共睹，这也成了他的终身遗憾。
朱允炆就两个儿子，全是原配所生。长子朱文奎出生后，太爷爷朱元璋说:"日月皆终，大凶之象。"所以很不待见这个重孙。朱允炆登基后，嫡长子朱文奎被立皇太子。建文四年，朱允炆被搞下台后，与其父朱允炆一起失踪，时年7岁。
女儿江都郡主下嫁长兴侯耿炳文之子耿璿;宜伦郡主和南平郡主也没有受到株连，安然下嫁;还有一女没有过多记载。
之前，九门君写过一篇玄武门事件后，李建成与李元吉的妻子儿女下场如何?自古帝王之家以“子”为尊，可是往往在政治博弈中丧命的，也是“子”。而那些女儿们，由于没有政治威胁，却往往能寿终正寝。
在朱棣攻克南京之火，当时的皇帝朱允炆就不知所踪，马皇后自焚而死。朱允炆的大儿子也消失不见，只有他的小儿子朱文圭。朱棣当时见到朱文圭时他只有两岁，也许是见了太多的杀戮，朱棣将朱文圭长期幽禁于中都(凤阳)广安宫。
到了明朝，明英宗通过夺门之变复辟之后，对同样被幽禁的朱文圭动了恻隐之心，不忍心再囚禁他，想要把他释放了。一天他跟李贤说：“亲亲之意，实所不忍。”李贤对此大加赞赏。明英宗当天即奏请太后，英宗身边的人担心放出朱文圭会出变故，明英宗表示“有天命者，任自为之”。英宗还下令在凤阳为朱文圭修建房屋，任其自由出入，还给他娶妻，以续其子，并派人照顾他的生活起居。
“释建庶人之系”，这一举动也被视为明英宗的明智行为之一。英宗派遣太监牛玉到凤阳告诉建庶人，建庶人听说后，且悲且喜，表示没有料到圣恩如此。建庶人被放出时已经五十六、七岁了，由于朱文圭自小便受到囚禁而无法和外界接触，所以被释放时连牛马都不认识，不久便死去。到了南明年间，朱文圭被追谥为润怀王。
朱允炆的父亲朱标早亡，留下了6个儿子，4个女儿。长子虞怀王朱雄英早夭;次子就是建文帝朱允炆;三子吴悼王朱允熥、衡愍王朱允熞被明成祖废为庶人并囚禁;五子徐简王朱允䐤死于那场大火，六子早夭，无爵、无谥号。其中4、5、6子与朱允炆是一母同胞。