清王朝刚建立的时候，盘踞在中国西北的蒙古分为三大部分，包括漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古。漠南蒙古部落在清朝入关以前就已经表示像满清臣服，漠北的喀尔喀蒙古又包括萨克图、土谢图、车臣三部分。
漠西厄鲁特蒙古部在明朝初期也称“瓦剌”，明末清初的时候被称为“厄鲁特”，他们盘踞在巴尔喀什湖以东以南的地区。厄鲁特蒙古部又分为四大部分，游牧在伊犁河流域的称为准噶尔部，游牧在乌鲁木齐附近的被称为和硕特部，游牧在额尔齐斯河沿岸的称为杜尔伯特部，游牧在塔尔巴哈台附近的称为土尔扈特部。
17世纪的时候，漠西厄鲁特蒙古的准噶尔部逐渐强大起来。在崇祯年间，吐尔扈特部因为受到准噶尔部的排挤，他们离开了塔尔巴哈台牧区，向西一直迁徙到伏尔加河流域的地区游牧。
后来，和硕特部也和准噶尔部发生了激烈的冲突，他们不得不离开了自己的牧场，向东南青海一带转移。只有杜尔伯特部能够和准噶尔部和平相处，他们共同居住在阿尔泰地区。
康熙刚即位的时候，准噶尔部的葛尔丹狂妄的自立为准噶尔汗，并且在沙俄政府的唆使下，于康熙二十七年，对漠北的喀尔喀蒙古部落发动了突然袭击，沙俄侵略者同时要求喀尔喀蒙古蒙古投降沙俄，喀尔喀蒙古部落的首领拒绝了沙俄的诱降，并且毅然地带领手下数十万部众向内地转移，向清朝表示臣服。
康熙把喀尔喀蒙古部落安置在了科尔沁蒙古草原地区，并且强烈葛尔丹的侵略行径，要求他们归还喀尔喀草原，但葛尔丹仗着有沙俄给他撑腰，肆无忌惮地带领2万多蒙古骑兵，打着追击喀尔喀部落的名义，深入到了内蒙地区，当时距离北京仅仅450公里，这大大威胁到了京师的安全!葛尔丹的丧心病狂和变本加厉只因背后有后台大老板在撑腰，那就是——沙俄政府!(沙俄一再侵略，迫使清政府签订一系列不平等条约，包括《尼布楚条约》、《中俄瑷珲条约》和《中俄北京条约》)
形势万分紧急，康熙决定御驾亲征，不但是为了维持蒙古地区的稳定，更重要的是打击沙俄侵略势力的嚣张气焰!沙俄政府一直对中国东北地区黑龙江流域虎视眈眈!1690年，清军分两路出击进攻葛尔丹，战争持僵持状态，清军和葛尔丹胜负参半。1696年，清军终于在乌兰巴托击败了葛尔丹的主力，葛尔丹战败并且连夜逃跑，1697年，康熙又亲自率领大军，到达宁夏，将葛尔丹残部团团包围，葛尔丹终于走投无路四面楚歌，无颜再见葛尔丹部的父老，无奈之中终于服毒自杀!
康熙平定了葛尔丹布的叛乱之后，喀尔喀蒙古的各个部落又回到了自己曾经放牧的牧场。各部落首领一同接受了清朝的册封。从此，外蒙古地区统一在清朝政府中央的管辖之下，清政府在科布多、乌里雅苏台地区，派遣了将军和参赞大臣，掌管当地的军机大事，这大大加强了清政府对外蒙古的统治!