以吴三桂为首的各地藩王势力起兵造反清政府的统治后，康熙皇帝用招抚的办法想拉拢造反的明朝旧臣，康熙皇帝先封官许愿，将遗留在西北的明朝时期文臣武将升格录用，稳定住了西北的局势，然后集中八旗兵的主力向南进攻。同时，康熙皇帝大胆的启用了绿营兵将领赵良栋、姚启圣，同时又命令钦天监的南怀仁设计了新式的威远将军大炮，这种威严将军大炮火力强大，这大大增强了清军的战斗力，使清朝在面对地方藩王割据局面下很快的反守为攻。
康熙皇帝组织清军从荆州展开进攻直指长沙，这时吴三桂慌忙地将前往长江湖口前线的军队回援长沙，又急忙调兵遣将一同坚守，康熙皇帝看到吴三桂对长沙十分看重全力回援的时候，突然下令从湖口向吴三桂军队守备空虚的地方开始进攻，清军后来在荆州渡江，吴三桂全面溃败。
对于耿精忠，康熙皇帝则采用“萝卜加大棒”的方法，一边镇压一边策反。公元1676年，康熙十五年，耿精忠无奈地率领大军向康熙投降，随后康熙皇帝又给尚可喜写信，命令他如果投降的话，以往的罪责可以不追究。公元1677年，康熙十六年，清军打到了广东，尚可喜的儿子尚之信率领部下宣布投降，至此，陕西、福建、广东还有江西都被清军全面占领，这大大打击了吴三桂士气。
公元1678年，战局对吴三桂越发不利了，因为各地造反的藩王中平南王尚可喜和靖南王耿精忠都已经向康熙投降，只有自己一家在孤军奋战，为了激发自己军队的战斗士气!他在杭州登基称帝，定国号为“周”，仅过了不到半年，吴三桂却暴毙而死，吴三桂的孙子吴世藩继位，改国号为“洪化”，退居贵阳。
公元1679年，康熙十八年，清军成功攻克了越州、长沙、杭州等地方，同时又成功收复了湖南和广西，康熙皇帝通令全国：所有投降人员既往不咎，放下抵抗可饶一死，凡是投降的人加官进爵破格录用。这大大瓦解了吴世藩的士气。公元1680年，清军成功攻克汉中、成都、重庆和四川，兵分三路，从湖南广西四川攻打云南。公元1681年，清军的三路大军在云南成功会师，大军围攻昆明，吴三桂的孙子吴世藩自杀，其余所有叛军放下武器停止抵抗，至此，历时八年之久的三藩之乱从此平定。
清军刚入关的时候，吴三桂犹豫不定首鼠两端，后来，吴三桂竟然为了和李自成争夺心爱的女人陈圆圆，而毅然加入到了满清势力当中，为了一个女人而做了汉奸，帮助多尔衮的清军联合攻打闯王李自成!如果吴三桂当时能坚持民族大义，想必吴三桂在历史上一定会留下一个好名声吧!