进京后的李自成等农民军高层有些小富即安、不思进取的满足感 。小农思想固有的自私与狭隘迷住了这些曾经雄心万丈、嫉恶如仇的西北汉子们的双眼。他们虽然占据了明皇都，但并无长远目标，也从未制定任何规章制度，既没有安抚前明遗老旧吏，更不思恢复京城秩序。
李自成占据北方，满清占据关外和蒙古，明朝残余势力依然占据两淮以南的半壁江山，他们拥立福王朱由崧为帝，建立了弘光政权，此后先后还有隆武政权、绍武政权及永历政权，加上连国号都没有的鲁王政权，这些形形色色的明朝延续政权，被统称为南明。
南明立国时基本策略是满清一起绞杀农民政权，对满清的野心和威胁缺乏认识和准备，加上内部矛盾重重，皇帝缺乏权威，同时并存的几个政权相互拆台，所以大部分都只坚持了十几年就被满清分别消灭，最后的明朝残余势力在台湾坚持到1683年。
李自成退居湖湘，他的手下还有40余万兵马，驻九宫山一带至少也有数万人，说他仅带20名亲信，与事实明显不符。况且，如果李自成真的被杀，他的儿十万大军岂能善罢甘休?九宫山能平静吗?然而，事实上，当时九宫山很平静，那几十万大军也很平静。因而，从反面证明，李自成未死!这种平静只是他的一种掩护，是他的命令。
或许因为这九宫山一带有着它的玄妙之处，李自成和他的军队藏在这九宫山之中过起了''世外桃源''的生活，又或者李自成是改名换姓了。当然了，这些只是我们对李自成最终结局的猜想罢了，并没有什么具体的历史依据。
还有人认为李自成率军到九宫山一带，此后几十万大顺军像蒸发一般便失去踪迹全没了，关于李自成的结局到底怎么回事至今也成谜。崇祯十二年，李自成经过三年的准备和恢复，再次反攻大明，一路大捷，队伍声势壮大，又得诸多贤人相助，很得劳苦大众的拥护。记得小学课本《李闯王渡黄河》吧，天助闯王，黄河结冰。。。但是这么一位人物一直备受后人争议。对于几十万人马消失原因我个人认为会不会象当年诸葛亮率军征南蛮一样，也曾进入瘴气林，受大自然一氧化碳中毒了呢，由于不及时防范和不熟悉地理，结果困毒而亡。