历史教科书上，“焚书坑儒”一案，至今让秦始皇为人诟病。在骊山西麓有个叫洪庆堡的村落，据说就是当年这一桩惨绝人寰的坑儒事件发生所在地。古代叫古马谷，后来人们因此称其为坑儒谷。
“冤骨积于坑谷，流血淬于泉壤”。相传秦始皇在古马谷活埋了儒生后，此地就“草树无颜，愁云昼昏，时闻夜哭，知有冤魂”。儒生衔冤含恨，天阴雨湿，谷中风声凄淚。
据说后来汉代在这里建“慰儒乡”，以表对儒生的慰怀。唐玄宗也曾建“旌儒庙”，命中书余人贾至撰文勒石，彰祭死难诸儒先贤，并将“慰儒乡”改为“旌儒乡”，以示旌表。宋又据原来碑文，重新刻碑作序。碑序中载：“坑儒谷在临潼城西南二十里，骊山平原横坑村。”
当地村民告知：在遗址近旁一条沟中，发现了厚达30厘米的骨粉层，似乎证明了这一事实。那么，秦始皇为何实施这一残酷暴行呢?
史学家们至今有争论，有三种看法：
第一种，历史上并无焚书坑儒一事。持这一观点的是民国时期兴起的"疑古派"，然而，近几十年的出土文物，有力地支持这起事情的真实性。
第二种，秦始皇确实坑杀了一些人，不过只是些方士，或称术士。在寻找长生不老药时，欺骗秦始皇，携钱财逃跑，后牵连460余人全部坑杀。至于焚书，也仅是《诗》、《书》，并不包括医、卜之类的文籍。司马迁距离事件发生时间，仅百余年，且出身史令世家，其所著《史记》从未提起过"坑儒"二字。若确有其事，应该不会不记载。
第三种，秦始皇并没坑儒，只是焚书，而且为了政治改革。尽管确立了郡县制。然而很多大臣主张依古制实行分封制，鼓吹效仿三皇五帝，分封诸侯国。这些儒者的主张不合时宜，自然遭到秦始皇反对。为统一思想，树立君权的绝对权威，秦始皇采纳李斯的建议：史官非秦记皆烧之;非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守，尉杂烧之;有敢偶语《诗》、《书》者，弃市;以古非今者，族，吏见知不举者与同罪;令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者:医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。
也就是说，秦始皇焚书也并不是什么书都烧毁!《尚书》被焚，源于记载上古圣王的治世理念，而其《诗经》，因为诗经中多赞颂历代君王，始皇不愿有六国遗党颂六国先王。除民间之外，“博士官所职”有没有《诗》、《书》、百家语呢?若有，烧不烧?原文的规定是含混的。
王充在《论衡·正说篇》中认为，法令规定只烧私人所藏的《诗》、《书》、百家语，博士官所收掌的不烧。后世学者多沿袭其说。清人刘大櫆著《焚书辨》，认为博士收掌之书未焚于秦始皇，而项羽屠咸阳、烧宫室时才被烧毁，因此罪魁是不应该全部归在秦始皇身上。