在我们的印象里，秦琼一直是他的左膀右臂，重大事件当中，一定少不了秦琼的身影。但是在公元626年，也就是历史上著名的玄武门兵变时，却未能看到他的身影。这到底是怎么回事呢?
首先，我们先来看一看，身手不凡的秦琼在众人的眼中，是一个什么形象?秦琼成名很早，他本来隋朝名将来护儿手下的一名下级军官。来护儿评价他是文武双全，志节完备，必成大器。后来，秦琼投奔了瓦岗军，在黎阳之战中，救箭落马的李密脱离险境。后来，他又寄身王世充帐下，因为王世充为人诡诈，于是他和程咬金告辞投靠了李唐。在李世民手下，他立下了汗马功劳，在讨伐王世充、窦建德、刘黑闼时，跃马挺、身先鏖战，被传为美谈。
因此，在太子李建成和齐王李元吉眼里，夺取帝位的最大威胁之一就是秦琼。为此，李建成曾想方设法地拉拢他，但没能成功，还又想办法将他调离秦王府。
我们从史书上能够发现，秦琼那天确实随从秦王到了玄武门，但是根本没有参加玄武门兵变。这次兵变的头号功臣是尉迟敬德，兵变成功之后他获得了一千三百户的封邑，因为在李世民落马即将被弟弟勒死时，他成功救驾。张公谨、侯君集获得一千户，而秦叔宝则是700户。
我们可以想像，那一天与玄武门没有差别，长安城内 太子府、齐王府也是血流成河，死伤无数。仁义的秦叔宝应该没有大开杀戒、应该没有冲锋在前。他应该和李靖和李绩一样，对于李世民与太子建成两兄弟折帝位之争持旁观态度，至少保持了中立。
玄武门的血腥戾气最后被大唐的贞观之治掩盖，我们只能从历史的只言片语中向秉持做人良知的秦叔宝投去敬意。