伴随倭马亚王朝的建立，其最大的反对派力量伊斯兰什叶派勃然兴起。
什叶派不承认倭马亚王朝哈里发地位的合法性，坚持认为哈里发一职只能从先知女婿阿里的后代中产生。由于阿里的长子哈桑主动放弃哈里发地位并在穆阿维叶一世统治时期被人毒死，什叶派转而支持阿里的次子侯赛因成为哈里发。侯赛因又在公元680年(叶齐德一世统治时期)被倭马亚王朝军队杀害，这件事更使什叶派极为震怒。
阿卜杜拉·伊本·祖拜尔(穆罕默德最初的信徒和战友老祖拜尔之子)强烈反对倭马亚王朝，他的势力实际占领着阿拉伯帝国境内的很多地区，并在汉志的麦加(希贾兹)建有自己的独立政权(自称哈里发)，阿卜杜拉·伊本·祖拜尔的行为得到阿拉伯半岛和伊拉克等地反倭马亚政权的各派势力支持。在哈里发阿卜杜勒·马利克时代，倭马亚王朝才消灭了麦加的什叶派政权。
在整个倭马亚王朝时期，中央政府与什叶派的战争一直持续不断，但什叶派从未被彻底剪除。什叶派最后协助阿拔斯王朝终结了倭马亚家族的统治。
倭马亚王朝的另一支主要反对力量是伊斯兰哈瓦利吉派，该派主要是由隋芬之战后因反对阿里屈从于神裁结果而脱离阿里阵营的士兵和信徒构成。
对外扩张
倭马亚王朝时代，阿拉伯帝国的对外征服达到了一个高峰。他们的疆域最广阔之时东至中亚、西至西班牙。
穆阿维叶继任哈里发以后不久，就调兵遣将，东西两面出击。
哈贾吉·本·优素福在阿卜杜勒·马利克时代率领阿拉伯军队向中亚挺进，东线大军于公元664年占领阿富汗斯坦首府喀布尔，然后挥师北上，进军中亚内陆地区。先后征服布哈拉、撒马尔罕和花剌子模等广大地区，直至帕米尔高原始为唐军(中国)所阻，而阿拉伯人的宗教最终永远地征服了这一地区。
与此同时，东线战场的另一支阿拉伯军队，在哈贾吉·本·优素福的侄子穆罕默德·伊本·卡希姆率领下南下远征印度，迅速征服了信德和旁遮普地区，标志着伊斯兰教从此在印度扎根。
在北方，阿拉伯军队曾三次进攻君士坦丁堡，由于拜占廷皇帝立奥三世利用君士坦丁堡天险和秘密武器“希腊火”抵抗，而未能得手。
此期间，穆阿维叶一世创建了阿拉伯人的第一支海军。
在西方，阿拉伯人消灭了拜占廷的北非驻军，占领从突尼斯直到摩洛哥的马格里布。阿拉伯人使当地的柏柏人很快改宗伊斯兰教，并以他们为主力部队，跨越直布罗陀海峡进攻西班牙。
公元711年，倭马亚王朝的埃及总督穆萨·伊本·努塞尔手下的摩尔人将领塔里克·伊本·齐亚德率领穆斯林军队渡过直布罗陀海峡(该海峡以塔里克的名字命名，Gibal—Tariq)进入伊比利亚半岛。不久穆萨·伊本·努塞尔本人率领更多军队赶到。两位将军攻占西班牙三分之二领土，进而征服日耳曼人的西哥特王国，建立了安达卢斯王朝。
公元732年，穆斯林军队穿越比利牛斯山，进攻法兰克王国，由于到达了其扩张的极限，在普瓦提埃战役为法兰克王国宫相查理·马特所击败。
至此，倭马亚王朝时代的阿拉伯人基本结束了大规模的对外征服。初期四任哈里发和倭马亚王朝的两次大规模征服运动，为阿拉伯帝国奠定了疆域基础。
到公元8世纪前半叶，阿拉伯帝国基本形成。它的版图，东起印度河和帕米尔高原，西至大西洋的比斯开湾，南自尼罗河下游，北达里海和咸海南缘，横跨欧、亚、非三大洲的土地，是当时世界上领土最广大的帝国。