对于大明王朝的崩溃，大家都习惯上认为是明朝无法应对后金与流寇的两线作战导致最终全面失败的。其实以当时明朝的国力如果战法指挥得当至少是可以平定其中一方的。殊不知明朝此时还有一个第三条战线，也极大地牵制和分散了明军的主力，这就是持续时间长达20余年的西南土司叛乱。这场战争对明朝最后的命运和此后西南各族造成了巨大而深远的影响。
以夷制夷松散政策，半土半流动乱伏笔
明朝对云贵川三省的少数民族地区一直采取以夷制夷的羁縻政策，也就是世袭土官制度，由当地少数民族的首领担任地方长官管理所辖区域，朝廷一般不干预其人事变动，只负责收税边防等事宜。
西南地区有众多的“土县”、“土州”、“土府”、“宣慰司”等行政区单位。不少地方还拥有自己的武装力量，这种特殊的地方自治模式就是著名的土司制度。土司官员们在当地经营多年，势力根深蒂固。
有许多土司首领自恃天高皇帝远在本地横征暴敛作威作福，甚至对抗中央。有明一代西南地区经常发生程度不等的叛乱，其中名气最大的当属万历年间发生的杨应龙叛乱，也就是“万历三大征”中的播州之役，明军用兵十万激战一年才平定了这场叛乱。
此后明朝廷在当地推行改土归流，但由于阻力太大，进展非常缓慢西南地区依旧是半土半流的管理模式这就为日后的叛乱埋下了伏笔。
奢安之乱横扫川黔，西南大地狼烟四起
万历后期官场腐败日甚一日，此时后金势力已经崛起朝廷为筹措军饷大增赋税，土司官员也对当地百姓横征暴敛，各族百姓苦不堪言。
四川永宁宣慰使奢崇明见有机可趁遂起兵反明。天启元年九月，奢崇明以请缨支援辽东为名率军至重庆，不知真相的明朝官员开城出迎被叛军尽行斩杀，随即占领了重庆。
接下来叛军接连攻占云贵川三省许多座州县。同年十月叛军合围了四川省城成都。四川巡抚朱燮元急调省内各处官军和土司武装支援，朝廷又调云、贵、陕、鄂等省官军入川，经过近两年血战终于在天启三年春攻克叛军老巢永宁，奢崇明兵败仅以身免，这场叛乱才暂告一段。
在明军平定奢崇明的同时贵州宣慰同知安邦彦又起兵叛乱，让本已复杂的局势更加混乱。
安邦彦家族可谓是西南土著的“活化石”，其家族早在三国蜀汉时就在水西居住，家人多势众实力雄厚，曾在万历年间平定杨应龙作战中立功。但安邦彦并不满足当一个受明廷管辖的土司，他见奢崇明叛明自立也萌生了割据贵州的野心。
天启二年安邦彦以赴川助剿奢氏为名攻占毕节自称“罗甸大王”，拉开反叛序幕。此时明军主力都在平定奢氏，贵州兵力空虚。安邦彦叛军很快就占领了贵州大部地区，甚至还击败过贵州总兵率领的主力官军、围攻贵阳，威胁湖广。明军在扫平奢氏后集中七省大军围剿安邦彦。
由于明军指挥失误和军队间配合不利，再加上贵州地形复杂，数年间双方一直拉锯作战互有胜负，直到崇祯元年曾经平定奢崇明叛乱的朱燮元任兵部尚书总领西南军务采取了步步蚕食的策略使安邦彦日趋困窘。
崇祯二年八月，明军在永宁歼灭安氏叛军主力，斩杀了安邦彦和依附于他的奢崇明。至次年春彻底扫平了叛军的残余势力。这一战前后历时八年，明朝在山高路远的云贵高原用兵十余万，耗银数百万才艰难地平息了这场叛乱，此时高迎祥李自成等农民起义已经如火如荼。正当明朝意图调动西南部队北上之际，云南又发生规模更大的普名声反叛。
沙普之乱最后一击，明亡清兴改土归流
发生在川黔两省的奢安之乱也激发云南部分土司的野心，他们一面积极出兵帮助明军扫平叛乱另一方面暗中储备势力伺机反叛，阿迷土司普名声就是其中的代表。
普氏是阿迷地区的土著家族，普氏在助剿奢安过程中积攒了大量兵力同时又与缅甸勾结。崇祯四年六月，云南巡抚王伉率军征剿先后在阿迷、临安等地被叛军击败，普名声此时还实施反间计派人进京贿赂言官御史上奏弹劾王伉寻衅邀功，朝廷果然中计在阵前逮捕了王伉，若不是别部明军偷袭阿迷明军会遭到更惨重的失败。王伉被捕使形势发生了新的变化，主张招抚普氏的“主和派”开始登场。
崇祯五年广西知府张继孟单枪匹马赴阿迷，利用普名声与其妻万氏和手下人间的矛盾分歧成功招降了这支叛匪。
同年末普名声暴亡万氏继续统领余众，万氏一改过去对抗官府攻城拔寨的做法，在接受招抚的同时继续向周边暗中扩张烧杀抢掠，普万势力已经让明朝在基层的统治基础名存实亡。由于此时中原已经陷入农民起义的大潮，朝廷再也调不出大军征讨西南叛乱了。
1645年，万氏女婿沙定洲趁明朝灭亡之际再度起兵作乱，攻占了省城昆明最盛时几乎席卷全滇。1648年大西军自四川南下继续抗清终于剿灭了最后这支叛匪。至此历时20余年的明末西南民乱终告平定，但此时明朝早已寿终正寝，西南民乱对川滇黔三省造成的战争创伤直到清朝康熙年间才得以逐步恢复，这条不为人知的战线与明末流民起义和后金(清)一起埋葬了大明王朝。
清朝深刻吸取明亡教训，在云贵川地区力行改土归流。后来又专设云贵总督，有力地加强了对边疆的管理，改变了自秦汉开始的西南半自治状态，维护了国家的统一