《史记·蒙恬列传》中记载：“二十三年，蒙武为秦裨将军，与王翦攻楚，大破之，杀项燕。二十四年，蒙武攻楚，虏楚王。”从这些史料中我们似乎感到很疑惑，在秦王政二十三年即被杀的楚将项燕何以能在第二年在楚王负刍被俘虏后，又在淮南拥立前秦国相过、并指挥过平定嫪毐之乱的昌平君为楚王呢?
其实在《楚世家》里，司马迁根本就没有记载昌平君成为末代楚王的事情。最有可能的原因就是，昌平君的这个“楚王”是不合法的，是得不到官方承认的。在结合《秦始皇本纪》和其他篇目记载的“矛盾”，我们可以推断，真正的项燕已经在二十三年战死于蕲南，而在二十四年拥立昌平君为楚王的“项燕”只是被找来的替身。所谓的“拥立”实际上只是自立，故而不算是正统，昌平君的名字也因此不会出现在《楚世家》中。
这样一切就都能解释的通了。背负着秦楚情仇的昌平君在国家风雨飘摇之际，毅然决然的挺身而出，自立为楚王，继续打着楚国的旗号抗击秦国的侵略。可是楚国的正规军已经被王翦击破了，昌平君虽有大志，却也是回天乏术。在步步进逼的秦军的压力下，昌平君复退兵渡过长江，在江南继续抗秦。
不久，王翦、蒙武率领秦军精锐渡江。北宋陈舜俞《庐山记》中记载庐山有康王谷、康王观，相传楚康王为秦将王翦所迫，匿于谷中，后世有碑刻记此事。《太平御览》卷五四引《寻阳记》、《太平寰宇记》卷一一一、《舆地纪胜》卷二五、《读史方舆纪要》卷八三、《古今图书集成》第一二九册，以及明正德《南康府志》、清同治《星子县志》等几种地方志，都有康王谷(或称楚王谷)之事。这里在江南反秦的“楚康王”就应当指的是昌平君。后来，昌平君熊启不敌秦军，战死沙场。在昌平君临死前，又叮嘱自己的余部要继续抗秦。因此，昌平君的余部一直在与王翦、蒙武所率领的秦军精锐作战，直到秦王政二十五年，江南才被彻底平定。至此，楚国正式宣告灭亡，成为了大秦帝国的郡县。
昌平君虽死，但是像“东南有天子气”、“楚虽三户，亡秦必楚”这类的谶语却流传起来，以致于让一统天下的秦始皇嬴政时常不安，需要靠东巡来镇抚楚地。这些亡秦复楚的口号似乎是有人刻意煽动的。另外，之后参与反秦的很多人也似乎在冥冥之中是相互联系的。例如曾狙击秦始皇于博浪沙未果的张良，就出生在当年策应昌平君反秦的颍川郡父城，张良早年更是曾在淮阳(即郢陈一带)学礼。颍川之乱时，张良作为二十多岁的韩国贵族极有可能曾经追随过昌平君。
秦朝之时，张良又救助了杀人的项伯，项伯正是项燕的儿子，项梁的兄弟，项羽的季父。而项氏和韩国遗老的交集却正是既同项燕又同韩军携手作战过的昌平君。而辅佐陈胜首倡灭秦的吴广，则是郢陈附近的阳夏人，陈胜吴广起义时所率领的戍卒，至少有一部分人是郢陈一带的楚民。而陈胜起义初步胜利时，直接选择进入郢陈，建号张楚。何以这些反秦之人都和昌平君有着微妙的关系呢?我们可以做出一个大胆的假设，那就是这些反秦之人都曾接受了昌平君的遗计，昌平君在临死前，一面命人散播反秦谶语，一面安排日后反秦的火种。大秦帝国的灭亡，也许正是出于这位“间谍丞相”之手!