慈禧将光绪帝囚禁在西苑的瀛台上，它四面环水，实为一小岛，唯一通向陆地的通道是北部的木桥。光绪被软禁后，服侍光绪的太监，名为服侍实为"管教"。据说某年冬天，南海水面已经结冰，一日光绪帝微服出行，孰知刚走不远，便被守门人发现，即被"跪阻"。慈禧太后得知此消息后，居然命人将冰凿开，以防其逃走。
虽然慈禧已经将光绪帝变为囚徒，但她依然心存隐忧。毕竟自己垂垂老矣，而光绪帝只是几近而立，一旦自己百年，光绪帝就可以名副其实地成为大清皇帝。因此，她有了废掉光绪帝的计划。
首先，折杀光绪帝在大臣面前的威严。慈禧指挥镇压了变法运动以后，多次组织大臣围攻、训斥光绪帝，为光绪帝罗织罪名。《清廷戊戌朝变记》中较为详细地记载了政变当天光绪帝被围攻和惨遭训斥的场面。
其次，大肆制造皇帝患病的声势。这让朝野上下极为震动，光绪帝四月份还在雷厉风行地主持变法，此间未曾听说身体不适，缘何慈禧在镇压变法的同时突然昭示天下：皇上已患有重病，连太医都不可医治。
另外，选择宗室近支之子立同治帝为嗣。
光绪帝患"重病"以及立溥仪为大阿哥的消息传出后，朝野上下议论纷纷，慈禧企图废帝的阴谋也随之被人看穿。首先，国内工商界人士联名致电慈禧反对罢黜光绪。慈禧决定"立端王载漪之子溥仪为大阿哥"的谕旨颁发以后，上海于次日下午获悉，一时人声鼎沸，上海的电报总办经元善联合上海绅商市民1200余人，立志谏阻慈禧废黜光绪帝的企图与行为，力求保皇。此举在全国各地得到了响应，给慈禧施加了巨大的社会舆论压力。
其次，各在华列强反对强烈。变法失败以后，以慈禧为首的顽固派迅速壮大势力，全面控制了朝局。出于维护在华利益的需要，在华列强认为，支持光绪帝建立一个较为开明的政府对自己在华利益更为有利。他们一再要求觐见光绪帝，力图摸清光绪帝病情的真伪。
在光绪二十四年九月初四这天，一位名叫多德福的法国使馆医生，提着自己的药箱，走进了紫禁城皇宫大门，此行非比寻常，他不仅仅以西方医学之代表的身份来为清廷皇帝检查身体，更代表了在华列强对当时的清廷应由谁来主政的意愿。不过，这样的行为也是不合常理，史无前例的。
多德福诊病的结果是光绪帝病情无大碍，唯患血虚之病。自此，慈禧感受到了列强的强硬态度不能不有所顾忌。于是，暂且收敛了废帝活动，有生之年慈禧没有废黜光绪帝，多半是出自于她对列强在华势力的无奈。
1908年11月14日光绪帝驾崩，年仅38岁。比慈禧早一天去世。
百年以后，专家对清西陵进行清理，发现了光绪的头发，进行鉴定以后，得出了一个重大的结论，即光绪头发里砒霜含量比常人高达2000多倍，充分证明了光绪不是非正常死亡，而是死于毒杀。
凶手不言而喻，就是她。