一说到这个问题，很多人可能有一个直截了当的结论：秦始皇残暴是对百姓，朱元璋残暴是对大臣。
这个回答虽然简洁明了，但其实是有点问题的。是不是这个开国皇帝对老百姓很好，国家就能够长治久安呢?
(秦始皇)
当然我也并不是说不能，但是这样解释缺乏一种逻辑的必然性。
那么，开国皇帝能让国家长治久安的逻辑必然性是什么呢?
第一，要解决国内稳定的问题。
第二，要解决国际安宁的问题。
第三，要解决国家生长的问题。
这三个问题解决了，国家自然就会长治久安。那么，我们来看看秦始皇和朱元璋的残暴，对这三个问题的解决，有没有帮助呢?
先说国内稳定。要让国内稳定，又需要解决几个问题：
第一点实现权力的集中或者平衡。人人都想当皇帝，人人都想拥有权力。尤其是白手起家到雄霸一方的功臣们，想做大做强的心都是有的。因此必须要解决权力的问题。
对于权力的解决，一般有两种方式：平衡和集中。但平衡的方式，总会造成隐患，极权社会里凡是这样做的，都是失败的。所以一般都是集中。秦始皇和朱元璋在权力集中上，都用残暴的方式，做了不少工作。
(朱元璋)
秦始皇灭六国后，没有再给六国后代土地和爵位，对于功臣他也没有给土地和爵位，地方上采用郡县制，子孙们也没有分封。也就是说，秦始皇用暴力的方式，攫取了所有人的权力。
朱元璋则通过“洪武四大狱”等等，夺了不少功臣的权力;另外废除宰相，取消相权。儿子们则施行藩王制，并没有收权力。
从上面可以看出，在权力集中上，秦始皇做得很彻底，但因为权力全部集于皇帝一身，一旦皇帝受制于别人，就会出大问题。后来赵高之所以敢“指鹿为马”，就是赵高因为掌控了皇帝，也就掌控了一切。
朱元璋权力也集中得比较彻底，但是他给他的儿子们留了权力，这使得后来也引发了靖难之役。另外，朱元璋虽然集中了权力，也有平衡，也就是内阁、六部、宦官、锦衣卫等等互相牵制的一种平衡。这样便不会出现像秦朝那样，一人控制了皇帝就控制了天下。所以我们看朱元璋的后代，一个比一个顽皮，其程度远超秦二世，但是没有误国的。
第二点是立好皇位继承人。这一点两人都做得不好，都引发了后世的动荡。但朱元璋的后代平定了，秦始皇的后代没有。
第三点是管控舆论。朱元璋和秦始皇都管控舆论。秦始皇采用“焚书坑儒”，朱元璋采用“文字狱”。这两种文化残暴，显然朱元璋要更高明一点。秦始皇是愚民政策，让大家不读书。朱元璋是独言政策，只要你不去碰那些不该碰的红线，其它歌功颂德的话可以随便说，风花雪月的文章可以随便写。
(阿房宫遗址)
第四点是严刑峻法。秦始皇的严刑峻法是对所有人，包括百姓。朱元璋的严刑峻法只针对部分人，比如“剥皮填草”对官员，“殉葬”对妃子等等。因此朱元璋的打击面不是那么大。
再说国际稳定。秦始皇当年为了这个，有些矫枉过正。修万里长城，集三十万兵力逐匈奴，这确实实现了国际稳定，但是却给老百姓带来了沉重的负担，引发国内不稳定。朱元璋当时对于设置九边军镇和重修万里长城是有动议的，但他是采用一种比较渐进的方式，直到他儿子朱棣时才完成，而且工程量并不大，比较恰当，给老百姓的负担不是很重。
最后说国家生长问题。这一点，秦始皇就完全比不上朱元璋了。朱元璋在民生问题上是做得不错的。比如他的养老制度、医疗制度“惠明药局”、救助制度“养济院”等等，虽然有一点修修补补的味道，算不得系统工程，但是其做法却起到了很好的榜样作用。而秦始皇则完全不考虑民生问题。修万里长城倒也罢了，修秦直道也有一些意义，他修阿房宫，那么庞大的劳民伤财的工程，对国家的生长，有什么帮助呢?
所以，同样是残暴，两个帝王的方向不同，尺度不同，侧重点不同，结果就完全不一样。