中国的姓氏起源于黄帝时期，在春秋战国时期大量产生。周朝建立后分封自己的宗族、功臣、上古先贤后裔为诸侯国，这些小国灭亡产生了现在的大多数姓氏。
周朝功臣姜太公封于齐国，周武王死后，姜太公与长子吕伋一起到镐京辅助周成王。这一时期，姜太公的第三子丘穆公镇守齐国，营造了齐国首都营丘，后世子孙便以“丘”为氏。《孔子家语》《左传》等书都有记载。
丘氏是齐国的宗室，几代后齐国争王位内乱，丘娄嘉担心祸及，离开齐国投奔楚国，出任楚国左史官，负责记录历史。丘娄嘉后人世代担任楚国的左史官，所以便改丘姓为左。楚国发生争夺君权的内乱，丘娄嘉的十三代孙成逃到到鲁国担任太史。成的儿子左丘明，袭父亲官职为鲁国的太史。
左丘明在担任史官时，以《春秋》为本，并采用《周志》、《晋乘》、《郑书》、《楚杌》等列国资料，写出了史书《左传》。左丘明晚年时双目失明，辞官后将几十年来的所见所闻，各诸候国的要闻记述下来，汇集成著名的历史名著《国语》。这两部书是中国早期最重要的史书，左丘明的著作及其学术思想是儒学文化的重要组成部分。《左传》具有很高的史学、文学价值，又是一部著名的军事著作。
左丘明比孔子年龄稍小，曾与孔子同朝为官，孔子称与丘明同好恶，左丘明也曾鼎力支持孔子从政。他品行高洁，为孔子推崇，称“左丘明耻之，丘亦耻之”。
左丘明的后人有左姓和丘姓。三国时期，曹魏毌丘俭之子宗等四人改为丘姓 。汉朝以后，匈奴、鲜卑族中丘林，丘乃敦、丘目陵等氏改为丘姓。宋朝以后丘姓成为南方大姓，主要分布于福建、湖南、江苏、浙江、河南、河北、安徽、江西等省 。丘姓也是台湾大姓。
汉朝以后，为避孔子之名讳，陆续有丘氏改为邱氏。清雍正三年，颁诏尊师重道，称先师孔子圣讳，理应回避，凡系姓氏、地名，丘字一律加邑部为邱字。
辛亥革命后，闽杭举人邱荷公及台湾进士丘逢甲倡议恢复原来的丘姓，在广州登报呼吁族人恢复丘姓。有些邱姓恢复了丘姓，还有很多因各种原因没有改，到现在丘姓和邱姓都有。
邱姓主要郡望有河南、吴兴。邱姓主要堂号有河南、文庄等。河南堂是丘(邱)姓中最兴旺一支，历代名人辈出。
河南郡即现在洛阳市，近代在丘姓河南堂的发源地，洛阳市偃师境建了中华丘(邱)氏总祠，位于玄奘故里和唐恭陵之间的邱河村。
中华邱氏总祠占地面积200多亩，建筑面积8600平方米，是目前世界单个姓氏最大祠堂。
历史上丘(邱)姓的重要人物有：南朝梁文学家丘迟;唐朝右武侯大将军、冀陕二州刺史丘行恭，诗人丘为;南宋学者丘富国;元朝长春演道主教真人丘处机;明朝礼部尚书、文渊阁大学士丘濬，大将丘福;清朝戏曲作家兼画家丘园，作家丘心如，诗人丘逢甲等。