满清入关之前，即努尔哈赤和皇太极时期，根本不存在禁止满汉通婚的规定。不过当时满族人聚族而居，与汉人交流也比较少，满汉通婚的现象不是很常见。顺治初年，多尔衮任摄政王时期，也是允许满汉通婚的，比如顺治五年(1648年)，特地颁发谕令曰：“方今天下一家，满汉官民，皆朕臣子，欲其辑和亲睦，莫如联姻一事，凡满汉官民，有欲联姻者，皆从其原”。
但是在多尔衮去世后，开始有了禁止满汉通婚的说法。究其原因，有几种说法：一说满族作为统治阶层，需保持本民族血统的纯正，如《辽阳县志》曾载：“顺治以来…满人与民人不交产、不结婚，意在保持生计及种族(即民族)”;一说因满人与汉人语言、风俗存在不同;一说与入关之初激烈的满汉矛盾有关;还有一种说法是怕满族女子嫁给汉人后影响满族人口的增加。
不管出于何种考虑，清朝禁止满汉通婚的确有了条文规定，比如乾隆二年(1737年)谕内务府：“向来包衣管领下女子，不准聘与包衣佐领下人;包衣佐领下女子，不准聘与八旗之人。”乾隆三十年(1765年)，又强调了这一禁令，将禁止与满人通婚的范围扩大到了蒙古人、锡伯人等，“蒙古、锡伯、巴尔虎、汉军包衣佐领下之女，照满洲例，禁止与汉人结亲”。乾隆三十一年，又明确规定宗室女性不得与满族之外的民族通婚：“宗室之女不得与八旗别载册籍之户结亲云，即开户也”。
从乾隆朝的谕令可以看出，其并未对宗室男性作出相关规定，而在实际嫁娶中，宗室与旗人娶汉族女性为妻的情况并不少见。清朝的选秀女制度并未将汉军排除在外，于是很多汉军旗人之女都与宗室男性通婚，比如康熙及乾隆帝的母亲就是汉军旗人。清朝很多皇帝都有汉族血统，比如历来对乾隆皇帝究竟是满人还是汉人一直众说纷纭。此外，即便是宗室女性，也有因特定的政治需要而下嫁汉人的。比如顺治皇帝在任中前期，满清政权基础不稳固，因而要借助吴三桂、耿精忠、尚信之等人镇压各地叛乱，为了笼络吴三桂等人，顺治十年(1653年)六月，多尔衮第十四女和硕公主下嫁平西王吴三桂子应熊。十二年六月，和硕显亲王的姐姐下嫁耿精忠。
在民间，有些地方满汉通婚较为普遍，比如在满汉杂居的东北地区，很多满人都娶了汉人女子为妻，汉人女子采用顶名等隐瞒汉人身份的方式嫁给满族男性，不过满族女子很少嫁给汉族男子。但是在大部分地方，民间禁止满汉通婚较宗室还要严格，一方面与固有的民族观念有关，另一方面清政府对民间的控制更为严格。
到了清末，尤其是同治、光绪年间，禁止满汉通婚的措令逐渐被废除，这大概与满汉民族间的对立逐渐弱化有关，同时汉人的崛起也是重要因素。