在明朝晚期，宫廷中发生了三件疑案，这三个案子不大不小，影响也没有那么严重，之所以把它们并为“明朝三大案”，是因为它们是标志着明朝纷乱衰亡的开始。
万历皇帝朱翊钧
1.梃击案
明朝万历年间，万历皇帝曾28年不上朝，因立太子之事和朝廷争执长达十余年。万历帝的长子朱常洛是太后宫女王氏所生，他对这个儿子可谓是冷漠至极，一点也不喜欢，他最喜欢的是宠妃郑贵妃所生的三皇子朱常洵，因此，万历帝常常悄悄和郑贵妃约定要立他们的儿子为太子，将来继承皇位。
古代皇帝确立继承人应当是嫡子为先，无嫡立长，按照这个规矩，朱常洛才是太子的唯一人选，但是万历帝屡屡拖延，直到皇太后施压，才于万历29年(1601年)册立朱常洛为皇太子，同时也封常洵为福王，藩国洛阳。太子册立后，又持续斗争了13年，直到万历42年，朱常洵离开京城前往洛阳，才真正确立了朱常洛的太子地位。
泰昌皇帝朱常洛
万历四十三年五月初四(1615年5月30日)疯汉张差从宫外一直闯入太子宫，持棍乱打太子朱常洛，惊动朝廷。万历四十一年(1613年)，郑贵妃内侍曾与奸人勾结诅咒皇太子朱常洛，想必梃击案她也逃不了关系。
如果不是有意而为，一个宫外男子如何能顺利进入守卫森严的皇宫殴打太子。不过，万历帝不愿“殃及他人”，最终以张差死而告终，梃击疑案糊涂了结。
朱常洛
2.红丸案
朱常洛自幼不得其父喜爱，13岁才出阁读书，又长期辍读，经历坎坷。朱常洛(泰昌帝)即位后，心机深沉的郑贵妃又竭力笼络他的宠妃李选侍，二人谋合，欲为己请封皇太后和皇后之号。由于忧心国事，本已虚弱的身体，不几日更是“圣容顿减”，“病体由是大剧”。
崔文升进宫为皇帝看病，由于他曾经是郑贵妃的内侍，所以遭到东林的攻击，他们说皇帝得病是因为纵欲过度，崔文升是受郑贵妃指使，想要下毒谋害皇帝，这令众太医都不敢给皇帝治病，一个皇帝做到这份儿上也是憋屈不已。
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不久后，鸿胪寺丞李可灼自称有仙丹妙药可治帝疾，大臣们虽然劝皇帝不要吃，但是朱常洛此时也没有别的办法了，权当是死马当作活马医。初服一丸，四肢和暖，思进饮食，再进一丸，于次日凌晨即崩。此药为红色，称“红丸”，以铅为主，以参茸为副。
于是东林展开攻击，称郑家有意谋害皇帝。继朱常洛而后新登基的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，准许内阁首辅方从哲退休，将崔文升发配南京，李可灼充军，此案草草收场。最后调查结果称在场“众臣皆有罪”。
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3.移宫案
朱常洛自幼不受万历皇帝的喜爱，朱由校也是如此，直到万历帝临死的时候，才将他立为皇太孙。朱由校的母亲王才人虽然地位高于李选侍，但奈何李选侍受宠，王才人被李选侍凌辱至死，临终前遗言：“我与西李有仇，负恨难伸”。
朱常洛即位后，朱由校与李选侍一起迁住乾清宫。一月后，朱常洛驾崩，李选侍控制了乾清宫，在太监李进忠(魏忠贤)等支持下，企图逼封皇太后。驾崩当日，杨涟、刘一燝等朝臣直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见皇长子朱由校，商谈即位之事，但受到李选侍的阻拦。在大臣们的力争下，李选侍方准朱由校与大臣们见面。
天启皇帝朱由校
大臣们保护朱由校离开，李选侍挟持朱由校的目的落空，又提出凡大臣章奏，先交由她过目，然后再交朱由校，朝臣们强烈反对。朝臣们要求李选侍移出乾清宫，迁居哕鸾宫，遭李选侍拒绝。
朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱，李选侍万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居仁寿宫内的哕鸾宫。九月六日，朱由校御奉天门，即皇帝位，改明年为天启元年。至此，李选侍争当皇太后、把持朝政的企图终成化影。
移宫案和红丸案、梃击案并称“明末三案”。