1941年12月，日本第二十五军在山下奉文大将的率领下向新加坡要塞进攻。次年2月15日，英国马来亚陆军总司令白思华将军率8万英军向日军投降。日军进入新加坡后，对新马华人以“大检证”和“大肃清”的名义进行了灭绝性大屠杀。
山下奉文
日军占领前的新加坡大约有华侨60万人，加上从北部马来半岛逃避战火而来的华侨，共有约100万人。据李恩涵先生研究，在新加坡检证大屠杀中，华人死亡人数在2.5万—5万人之多。
中国的全面抗战爆发后，华侨捐献了数目巨大的资金并有很多华侨回国参战。华侨也是抵抗日军入侵马来半岛的重要抵抗力量。华侨潜在的反抗影响日军对新马占领，日军尽快占领东南亚，急于从新马抽调兵力，以获取东南亚各国丰富的战争物资支撑战争。因此日军为了切断华侨对中国抗战的资金和人力支持，稳定对新马的占领，决定对华人进行大屠杀。“肃清华侨计划”的主谋是第二十五军司令官山下奉文。
日军在擦拭凶刀
山下奉文下令从2月18日开始展开扫荡行动，以搜捕敌对的华侨，其搜捕标准共有9条：1.曾经在南洋华侨筹赈会中积极活动之人士。2.曾经最慷慨地捐输给筹赈会之富裕人士。3.南洋华侨救国运动领袖陈嘉庚之追随者以及校长、教员和律师。4.海南人9。5.凡在中日战争以后来到马来亚之中国出生华人。6.凡是文身之男性。7.凡是以义勇军之身份，替英军抵抗日军之人士。8.公务员以及可能亲英之人士。9.凡是拥有武器，并尝试扰乱治安之人士。其结果是一场针对抗日人士、共产党人和华人的集体屠杀。
日军执行“肃清华侨计划”的方法是，先以盘查和发放“良民证”的方式，将华侨集中，然后集体杀害。1942年2月19日，山下奉文的司令部在主要街道张贴布告大日本军司令部布告凡居住于本岛12至60岁男子，限于2月19日正午在下述地区集合：1.从丹戎帕加至蒂恩巴乐路一带。2.从里巴路至坦格林路一带。3.从夏朗布萨至西冷古恩一带。4.从卡朗至盖兰一带。5.从帕亚雷巴路至樟宜路的交叉路口一带。违令者将处以死刑。华籍男居民到达日军指定的5个地区集中检证，凡认为可疑人员均被日军押上卡车送到海滨或用船只送到海面上用机抢扫射进行残杀。
东条英机受审
这只是日军杀害华人的一个典型的例子。在日军进攻马来亚半岛和统治初期，日军发动的大规模的集体大屠杀就有：新加坡大检证，吉隆坡大肃清，槟榔屿的两次大检举，马六甲大镇压，在新山、麻坡、马力四隆、文律进行的大屠杀，在森美兰州知知港、余朗朗等村进行的清乡屠杀，另有较小规模的屠杀达29次之多。日军在马来亚所屠杀的华人总数在15万以上。
1945年10月29日，山下奉文大将被交送马尼拉美国军事法庭审讯指控他在新加坡指挥日军屠杀五千名华侨的罪状，最后山下被处以死刑。1959年，在新加坡东海岸建厂挖掘时，意外发现了大量堆叠的骨骸，验明了是新加坡沦陷时期被日本人杀害者的华侨遗骨。