《医宗金鉴》相当于中医界的百科全书，它汇集了清乾隆之前的医学精萃。乾隆四年(1739年)开始筹备编纂《医宗金鉴》的工作，之所以要颁布官修《医宗金鉴》，主要原因有二：一、此前并没有作为教科书与准绳的医书，因而“医书驳杂，人不知宗”，良医缺乏。正如乾隆皇帝所言：“尔等衙门该修医书，以正医学”。其二，清乾隆之前，名医辈出，留下的医学著作也很多，因而如果不加以整理、编纂，许多将会散佚。三、乾隆皇帝在位期间，十分注重文治，比如《四库全书》也是在乾隆时期编纂的，因而组织名医编纂一部大型医书也是文治的需要，“使为师者，必由是而教;为弟子者，必由是而学”。
想法成行后，便开始付诸实践。乾隆四年发起后，最先是派太医院院使钱斗保主持编纂事宜，并以右院判王炳为副手，御医吴谦担任主编，此时的吴谦是当时最著名的医家之一，与张璐、喻昌并称清初三大名医。不再设立专门的场所用以编纂，只对太医院衙门内的闲房量加修葺，主要出于方便省时的考虑。乾隆五年(1740年)，又派照管医书馆事务和硕和亲王弘昼领导修医馆办事。全书在乾隆七年(1742年)十二月十五日完成，共九十卷，分十一科，《医宗金鉴》由乾隆帝亲自题名。成书后，为表彰编纂人员所作的贡献，不仅奖励参与编纂的成员人手一本《医宗金鉴》，而且还赏赐特制小型针灸铜人一具。
《医宗金鉴》的编纂与《四库全书》有些相似，最初是向民间大量搜集相关的医学书籍，规定“全国除书坊现行医书外，有旧医书无版者，新医书未刻者，并家藏秘书及世传经验良方，由地方官婉谕购买，或借抄录，或本人愿自献者，集送太医院命官纂修。自三皇以至我朝，分门类聚，探其精华。”从这一意义上而言，《医宗金鉴》就是汇集众医家之长，驳其错杂而成。
作为一本兼具教学与临床诊治性质的医学丛书，《医宗金鉴》共九十卷，涵盖十五种书，包括《订正仲景全书·伤寒论注》、《订正仲景全书·金匮要略注》、《删补名医方论》等，约160万字。《医宗金鉴》不仅搜集了许多古传药方，而且对名医张仲景的著作《伤寒杂病论》和《金匮要略》作了订正，其目的是“俾二书并行于世，庶后之业医者，不为俗说所误，知仲景能治伤寒，未尝不能治杂证也。”《医宗金鉴》的订正包括修改体例、删补改移、作注解等，见解独到。此外，《医宗金鉴》作为中医的百科全书，包括四诊心法要诀、妇科心法、儿科心法、眼科、针灸心法等内容。
《医宗全鉴》问世后，造成了很大的影响，作为官修医学著作，此后广泛应用到日常诊疗中，据记载：“向例太医院恭请升脉，皆隔别分拟，而又不得大相歧异。医官患得罪，皆推一资格稍长者为故诸医拟方，必用《医宗金鉴》，取不能批驳也。”可见当时《医宗金鉴》的权威性和影响力。