历史上有个不成文的规律，就是隔代修史，明史是清人编写的，如果承认南明为合法政府，清朝就不是合法政府，因为这两个政权同时并存过一段时间，所以南明所处的位置十分尴尬。
清朝是从努尔哈赤开始的，但实际上应该从皇太极开始，毕竟皇太极创立了“清”，清朝灭亡后还有个逊清小朝廷，也就是伪满洲国，但也没把这个朝廷算入清朝正史。
在正史中清朝一九一一年就结束了，之后的清廷被视为“不合法”。
严格来讲南明不算是清朝一部分，也不算是明朝一部分，它的正统性其实是有待推敲的。南明从形式上与东晋、南宋很相似，但地盘太小，难以相提并论。
南明比起东晋、南宋，没有行之有效的政治体系，在文化上也没有建树，虽然历经四帝但在位时间都短，最长的才十几年，当然这一切都不是南明登不上历史正统地位的决定性原因。
其实地盘、经济、政治都不是决定一个王朝是否“正统”的主要原因，判断一个朝代是否是上一个朝代的延续，要看它统治者的正统性和文化的归属感。
东晋和南宋都是统治者原班人马南渡建立的朝廷，整个行政体系都搬了国家，原来的皇族也都一起南下，这样建立起来的国家在民众眼里只是丢地，而不是“灭国”。
再往前推算，蜀汉是偏安一隅的王朝，但在当时百姓和后世修史官的心里，蜀汉就是汉室的“正统”，诸葛亮就是汉朝的“忠臣”，因为它的国号是“汉”，诸葛亮的口号是“汉贼不两立，王业不偏安”，诸葛亮在书信里也屡次提到“匡复汉室”。
其实蜀汉对“汉”的宣扬也是一种文化普及与文化推广，他们的做法令汉地百姓有了文化的归属感，而朝廷也有文化的凝聚力和向心力。
所以史学家说蜀汉是汉朝的“第四个阶段”，这个朝廷是完整的，有完整的政治体系，也没有南明那么多内斗，换句话说，蜀汉实现了对它的行政区域(国家)完整的统治，而南明却没对南方进行过完整的、有效的统治。
当一个王朝灭亡后，新朝总是励精图治，尽量多刷存在感，但南明一开场就以最差的姿态进入，一开始就有“分权而立”的迹象，朱由崧是由四镇总兵(高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐)这四派军阀辅佐的，四镇总兵依仗拥立之功，启用阉党余孽和东林党针锋相对，明朝末年那一套全被南明继承下来。
弘光元年，左良玉进逼南京，说奉崇祯太子的命令诛杀奸臣马士英“清君侧”，朱由崧调江北四镇迎敌，造成江淮陷入守备空虚，被清军攻破。
清军渡过长江，弘光帝被迫出奔芜湖，后来被在北京抓获处死，弘光政权灭亡。
弘光时期山东、河南一带并没有满清的大军，而弘光朝廷忙着内斗，根本没人去接收，这样的王朝不但仓促短命，而且在民间也没有什么认可度，修史官也觉得说无可说，对于民间修史的人，对这部分也涉猎不多。
说起民间修史，我们要提到康熙年间第一个文字狱，叫《明史》案，也叫庄氏史案，
顺治年间，南浔人庄廷龙买到了一本大明学士朱国桢的部分明史稿，所以就聘请一帮江浙一带的学者编辑成书，叫《明史辑略》，庄廷龙去世后，他的父亲庄允诚就让李令析作序，后来虚列了“参订者”，再把此书卖出。
一些学者对此不满，说参订者怎么没他们的名字，于是庄氏再把书高价赎回重新撰写，把原版劈了。本以为这件事解决了，没想到一个被革职的官员吴之荣向庄氏敲诈钱财不成，怒而报官，又上报朝廷说他“私编明史，毁谤朝廷”，此案最终牵连广，多达一千人，成为清朝第一大案。
“江浙名士列名书中者皆死，刻工与鬻书者亦同时被刑”，很多官员被流放。
所以没有人敢再修《明史》，文字狱也是“南明史”大半没有流传下来的重要原因。
清朝官方历史明确记载着：一六四四年崇祯自杀，明朝亡，对此后代史官不再有异议，包括一些严肃的历史学家，也将南明当成一个个小的割据政权，当成一个地理概念，而不是一个国家概念。