清朝盛期，康熙大帝对台湾的策略又改为招抚，从此就开始长达十几年的议和谈判，但始终没有结果。公元1681年(康熙二十年)清廷乘郑经病卒、其子郑克塽年幼初立和台湾本土出现内讧之际，康熙大帝决定发兵统一台湾。
康熙二十一年夏，康熙大帝排除朝廷内种种干扰，命降将施琅为福建水师总提督，与福建总督姚启圣同筹谋取台湾之策略。两位受命后，积极整顿军务，制造战舰，练兵选将，同时派人侦察敌情，探测航道。
公元1683年(康熙二十二年)六月十四日，施琅率领清军水师2万余人、各种战舰二百多艘，直逼澎湖。各战舰的风帆上均书写主将姓名，有便于指挥联络。郑守军有了二百多艘战舰和近两万人的军队，数量上与清军旗鼓相当。六月二十二日，清军强攻澎湖本岛，施琅将水师兵分三路，以总兵陈蟒和董义为左右翼，各率战舰五十艘，分别进攻鸡笼屿和牛心湾，以作牵制;施琅自率战舰百余艘为中路直攻娘妈宫(今澎湖本岛西北角)。清军奋勇大战，击毁郑军战舰一百九十艘，歼灭郑军主力一万二千余人，迫使郑军四千二百余人投降。
郑军主帅刘国轩见大势已去，狼狈的只带剩下战船二三十艘，残军数百人，狼狈逃回台湾本岛。台湾内部震动，刘国轩力主投降，康熙大帝乘胜降旨招降。七月十五日，台湾地方当局派人献上地图名册和投降书。
八月十三日，施琅率清军登陆台湾岛。后清廷纳用施琅建策，在台湾设县、府、巡道，派军驻守，加强统治。从此结束了由郑成功起历经郑氏家族三代为期二十余年的偏安局面。康熙大帝终于实现了台湾与祖国大陆统一的盛世