清宫四大疑案主要是指清朝宫廷中的太后下嫁、顺治出家、雍正被刺、偷龙换凤这四大疑案。
1、太后下嫁
太后指清太宗皇太极之妃博尔济吉特氏，她是世祖福临的生母，卒于康熙二十六年(1687年)，谥号为孝庄文皇后;摄政王是指睿亲王多尔衮。多尔衮是皇太极的弟弟，孝庄文皇后系多尔衮之兄嫂，弟妻兄嫂，按汉人的道德观念来看，是一件不合伦理的事。所以就算确有其事，清代正史也不会有记载。
孝庄
我们也不要忘了另一个事实：满洲入关以前的社会性质虽已由奴隶制迅速向封建制过渡，但很早很早以前女真人的落后习俗，如弟娶兄妻、妻姑侄媳的一些群婚制的残余，延续到入关初年，也是不足为怪的。那么，太后下嫁这件事是可以相信确有其事的。
2、顺治出家
史载顺治十七年(公元1660年)八月十九日，皇贵妃董鄂氏妃甍。世祖福临哀悼殊甚，为之掇朝五日。旋既下旨追封为皇后。
顺治
有的人以讹传讹，说这个妃子是明末人冒辟疆的姬人董小宛，当清军入关之初，被掠至京师，后入宫，赐姓董鄂氏，跟着又册立为贵妃。据说董鄂妃曾是顺治弟弟的福晋，在进宫伺候皇太后时见到了顺治帝，两人一见钟情。谁知董氏入宫之后，竟以不寿卒。然世祖之于董贵妃，宠冠六宫，莫与伦比，乃红颜薄命，惹得世祖终日闷闷不乐，不数月，遂弃皇帝不为，遁入山西五台山，削发披缁，皈依净土。
3、雍正被刺
世传清世宗胤禛暴崩的原因，说法不一，有说是被刺而死的，振振有词。这一说法究竟可信吗?说来话长，它起因于雍正七年(1729年)曾静、张熙一案。曾静慕明末人吕留良的为人，以排满复明为职志，因遣其徒张熙诡名投书川陕总督岳钟琪，劝他为祖先(岳飞)举义，不成，狱兴、辞连吕留良。
雍正
世宗严加处治，戮留良尸，留良子葆中，时为编修，亦论斩。传说吕留良有一个幸存的孙女，名叫吕四娘，她的剑术之精，冠绝侪辈，立志要为父祖报仇。后来她潜入宫内，终于刺死了世宗，并把世宗的脑袋割下，提着逃走了。
4、偷龙换凤
这里指的是清世宗胤禛与海宁陈氏换子的传说。浙江海宁陈氏，从明末起，累世簪缨。数传至陈之遴，清初降于清，位至极品。稍后，陈氏一家，如陈说、陈世倌、陈元龙等父子叔侄，都是高官厚禄，尊宠备至。康熙年间，世宗时为皇子，与陈世倌尤相亲善。恰巧碰着两家各生一子，年、月、日、时辰无一不同。世宗听说，十分高兴，命抱子入宫，过了许久，才送回去。陈氏发现，送还的已经不是自己的男孩，而且易男为女了。陈家万分震怖，但又不敢出来剖白，只得隐秘其事。
清代旗人生子一定要报都统衙门，宗室生子一定要报宗人府，定制十分缜密。何况紫禁城内，门禁森严，怎么能随便抱子出入宫内?显而易见，这些都是清末汉人在排满的革命浪潮中，无中生有地编造出来的。