民国以来，新疆长期处于中央政府实际控制之外，军阀割据，内乱频仍。30年代中期，苏联正是在这种背景下，通过全面援助和支持盛世才政权，排除以往英、日在新疆的影响，而把新疆纳入自已势力范围的。
不过，当时国际形势风紧云急，世界大战一触即发，苏联处于日、德反共同盟势力的东西夹击之中，迫切需要中国拖住日本，稳定东方战线。所以，尽管盛世才有心使新疆脱离中央政府，投靠苏联，斯大林却还无意承认一个独立的新疆政权，以免由此刺激中国。
而中国面对日本咄咄逼人的进攻态势，也十分需要得到苏联的援助和支持，不愿为一个鞭长莫及的地方与苏联形成对抗。于是，保持新疆的相对独立，即成为斯大林和蒋介石都可以接受的现状。
不久以后，国际局势骤变，苏德战争爆发。在苏联初战失利的情况下，盛世才见风使舵，转而投靠蒋介石，并采取种种措施迫使苏联的军事和经济势力全部撤出了新疆。当1942年底蒋介石颇为自豪地宣称：新疆归顺中央，是“国民政府自成立以来最大之成功”的时候，中苏两国关系降到了自日本发动九?一八事变以来的最低点。
然而，就在苏联势力被迫撤出新疆之际，欧洲战场的局势已经发生了根本性转变。到1944年夏季，苏联不仅能够正式提出在远东参加对日作战的政治条件，而且还完全有时间和精力策划如何对新疆卷土重来了。
三区革命叛乱者所控制区域
1944年初春，中蒙在新疆与外蒙交界的阿尔泰地区发生冲突。对于苏联重新染指新疆的企图，蒋介石的态度十分强硬。他一方面调兵遣将，摆开了不惜一战的架势，一方面不断向罗斯福告斯大林的状，试图对苏施加外交压力。
但是，美国对阿尔泰冲突和蒋介石的申诉反应极为冷漠。罗斯福先是在4月8日建议中国政府“冻结”新疆事件，到战后再解决，继而在4月10日劝告蒋介石对苏联要忍耐，要顾全大局，后来甚至禁止中国再扩大反苏宣传。
罗斯福所说的大局非常清楚，即为了最后在亚洲战胜日本，中苏必须联合，共同对敌;为了战后远东秩序的稳定，必须提高中国的国际地位，而这是需要莫斯科认可的。
中国不得不考虑美国的意见。4月19日，蒋介石批准了一项缓解中苏在新疆的紧张关系的计划，决定先严令新疆当局力避任何边界冲突，再寻机将盛世才调离新疆，以取得苏联的好感。
不久，美国副总统华莱士访问苏联和中国，以推动中苏接触。王世杰受蒋介石委托于6月16日专程到迪化迎接华莱士，并叮嘱盛世才不得在华莱士面前公开攻击苏联。6月24日华莱士离开重庆时，蒋介石托宋美龄致函罗斯福，答应美国倘有任何改进中苏关系的办法，中国必全力以赴。
然而，此时解决中苏双边关系的主动权掌握在苏联手中。在这场未来的外交较量中，无论是实力地位还是国际影响，苏联都具有明显的优势。虽然从国际环境考虑，苏联也感到有必要改善苏中双边关系，但两国之间在处理战后关系方面，毕竟存在着需要通过外交途径加以解决的重大利害冲突。
因此，在盟国之间酝酿中苏双方应该进行建立友好同盟关系的直接谈判时，苏联的策略是，一方面向蒋介石做出某种友好的表示，特别是表明苏联对中共的不支持立场，一方面则不断加紧向中国政府施加压力，以便在谈判桌上能够取得预想的收获。
5月中旬苏联大使潘友新向蒋介石做出明确保证：共产国际解散后，苏联不再援助外国共产党。苏联政府现在不给，将来也不会给中国共产党任何援助。9月8日，罗斯福的私人代表纳尔逊和赫尔利大使告诉蒋介石，莫斯科对华空气现已好转。莫洛托夫对美国人说：苏联愿意见到中国强盛和统一，中共并非共产党，苏联也无意支持中共。
与此同时，斯大林显然认为需要让蒋介石切实体会一下苏联的力量和决心。1944年6-7月，苏联从成都、西安和兰州撤走了最后一批大约60名苏联军事顾问。
同时，苏联的报刊也增加了批评中国民族主义倾向的评论和报道。7月间，苏联还向美国表示，苏联政府不愿在敦巴顿橡树园会议上与中国一起讨论未来的联合国组织问题，而建议单独举行两个三国会议。
更为严重的是，10月11日苏联接受位于外蒙古西北边界的图瓦人民共和国加入苏联，成为俄罗斯联邦的图瓦自治州。关于唐努图瓦地区的问题，蒋介石在开罗会议期间曾特意向罗斯福提起，认为应在战后同蒙古问题一道与苏联谈判解决。现在，苏联竟如此轻而易举地吞并了这片17万平方公里曾属于中国的土地，这无疑是斯大林向蒋介石发出的一个警告信号。
然而，与上述一切相比，真正使中国的领土和主权受到威胁，并使蒋介石政府感到震惊的，是苏联在新疆采取的策动和支持少数民族武装暴动的行动。这就是新疆历史上著名的伊宁事变，或称三区革命。
早在苏联势力退出新疆的时候，莫斯科就开始策划一次以少数民族反抗汉族统治为特征的武装行动了，并为此进行了充分的思想准备、组织准备和军事准备。
在思想方面，苏联的方针有一个转变的过程。据当时在塔城地区任副专员和政府秘书长的哈吉耶夫说，苏新关系破裂以后，苏联曾一度试图在新疆少数民族地区推行共产主义措施，指望通过宣传共产主义鼓动人们反对盛世才和国民党统治，但是由于少数民族都不接受这些宣传而没有成功。以后，苏联才改为利用当地民族的反汉情绪和宗教信仰，特别是泛突厥主义，来达到控制新疆的目的。
苏联在北疆大规模号召少数民族起来反对汉族政府的压迫是从1943年开始的，那时，塔什干出版的《东方真理》和阿拉木图出版的《哈萨克国土》等维文、哈文报刊，已经大量运进新疆，这些报刊不断发表声援和支持新疆少数民族斗争的文章。
1944年夏季，在迪化、塔城和伊犁经常发现有“新疆解放”等地下组织散发的传单，而这些印刷精美的传单显然不可能是在新疆印制的。在这些传单中，传播最广、效果颇大的是一种专门对伊斯兰教民的传单，该传单介绍了在莫斯科召开的伊斯兰教人民大会，并直接号召伊斯兰教徒团结在苏联周围以争取民族的幸福和解放。
在组织方面，苏联积极帮助新疆少数民族建立各种秘密团体。苏新关系破裂初期，后来成为三区革命主要领导人的阿巴索夫等人在伊宁成立了“马列主义学习小组”，其中就有苏联驻伊宁领事馆的共产国际情报员瓦西里?瓦西里诺维奇参加。
苏联军官还直接出面领导反抗组织，如1943年在阿拉木图成立的“新疆突厥民族解放委员会”，就是曾经帮助盛世才剿灭马仲英和张培元的红军将领叶夫西爱夫组织的，该委员会的任务主要是联络伊犁民族上层，组织武装暴动。
当时在新疆最大、最有影响的地下组织“伊宁解放组织”，也是在苏联驻伊宁领事馆的支持和帮助下，于1944年4月9日成立的。与苏联在新疆的政治鼓动和思想宣传相一致，该组织的主要领导力量是以艾力汗?吐烈为首的宗教、大牧主等民族上层人士。这种组织结构，决定了三区革命初期的政治走向。
在军事方面，苏联的主要作用是大量向新疆少数民族反抗组织提供武器，在苏联境内为武装暴动培训军事干部，并派军事顾问参与对新疆游击活动的领导和组织。早在1943年驻守哈密的红八团撤退回国，经过伊犁边卡时，便将该部队的武器悉数藏匿于民间，以为日后采取武装行动所用。
1943年10月，在苏联接受军事训练达两年之久的达列力汗回到阿山地区进行游击活动时，苏联应其要求，派出了12人顾问团，随同他经外蒙古到达青河。1944年4月上旬，蒙古人民共和国领导人乔巴山以视察边境为名来到新疆青河县，会见了反抗组织首领乌斯满，并给他派来了一批军事顾问，运来了武器弹药。
在乌斯满和达列力汗发动阿山暴动过程中，他们不断从外蒙古方面得到大批武器。苏联还为新疆少数民族培养了大批军事干部和指挥人员。当时，苏联在阿拉木图和安集延建立了两个军事训练基地，专门训练逃亡到苏联的新疆少数民族反抗人士。阿拉木图基地负责正规战训练，而安集延基地负责游击战训练。
三区革命的主要军事领导人伊斯哈克伯克在1942年初逃往苏联后，就在苏联的支持下，将聚集在那里的200余名逃亡者组织起来，编为两个大队，进行政治和军事训练，并在苏联筹建了蒲犁解放组织和蒲犁游击队。
1944年10月30日，鉴于在伊宁发动武装暴动的条件已经成熟，“伊宁解放组织”便派遣阿巴索夫去苏联，洽谈购买军火事宜，并很快组建了一支近百人的游击队。
11月4日，“伊宁解放组织”根据苏联驻伊宁领事馆的建议，趁伊宁驻军的主力部队已调往巩哈县的机会，秘密发动和武装群众，同时派人与巩哈游击队取得联系。
11月6日，阿巴索夫偕同苏联军官亚历山得洛夫率领一支全副武装的队伍从苏联经霍尔果斯口岸潜入伊宁，会同“伊宁解放组织”组成了以亚历山得洛夫为首的军事指挥部，并决定在11月7日举行全城暴动。
暴动开始以后，苏联军人立即投入了战斗。随着战事的展开，又不断有增援部队自苏联入境。
11月12日，由苏联军官波里诺夫率领一支现代化装备的俄罗斯族部队入境参加作战。11月16日，伊斯哈克伯克和苏联军官斯坎德尔率一营骑兵，越过国境攻打艾林巴克。到1945年1月初，苏联又在其境内中亚地区各穆斯林民族中组织了一支部队。
这支部队进入新疆后，一部分去果子沟阻击迪化政府的增援军队，一部分参加了攻打艾林巴克的战斗。鉴于大量苏联军官和军事人员进入新疆，为了协调关系，协助指挥，1944年11月下旬，苏联派出了以柯兹洛夫为团长的军事顾问团和以斯特潘诺维奇为团长的内务部顾问团(代号分别为“一号房子”和“二号房子”)来到伊宁。
不久，苏联又派出一批苏联军事教官，在霍尔果斯口岸举办军官培训班。每期3个月，先后举行了3期。毕业的学员分配到各游击队担任军事指挥员。
此外，在新疆的苏联侨民也纷纷参与了三区革命。作为伊宁事变先声的1944年8月“巩哈暴动”，就是苏联侨民帕提斯?莫斯里莫夫等人利用在苏联境内换取的武器，组织游击队发动的。
另据1945年11月苏联国家安全人民委员部管理总局的调查报告说，绝大多数旅居新疆的俄罗斯侨民“怀有对自已祖国的爱国主义感情”，正在积极投入武装起义。显然，曾在伊宁工作的中共代表彭国安的结论是可信的：“伊犁的局面确实是靠苏联军队打出来的”。
伊宁暴动发生后，新疆当局马上意识到问题的关键在苏联。1944年11月11日，新疆军政首脑朱绍良和吴忠信联名致电蒋介石：以目前情势而言，对苏外交如无彻底调整办法，则如伊犁事件，自必层出不穷，新疆前途亦将日趋恶化。
蒋介石在11月25日的回电中也感到问题严重，他一方面进行军事部署，一方面指示新疆当局立即就地与苏方进行交涉，只要能够保全领土和主权，可以在经济合作方面尽量迁就。
伊宁失守以后，1945年2月19日吴忠信致电蒋介石称，如此下去，新疆恐怕将成为第二个东北，只有通过外交渠道的有效疏解，才能收拾目前局面。
事态的发展表明，吴忠信对新疆势必大乱的形势估计是准确的，蒋介石对领土和主权的担心也不是无的放矢。因为，伊宁事变的最初目标就是要把新疆从中国的版图中分离出去。
苏联驻伊宁领事在暴动的第二天就派人与“伊宁解放组织”领导人热合木江联系，商议成立“东土耳其斯坦共和国”，并就政府成员名单进行了讨论。11月12日，“伊宁解放组织”即宣布成立“东土耳其斯坦共和国”，由艾力汗?吐烈担任临时政府主席，定国旗为绿底中镶黄色星月旗。1945年1月5日，临时政府委员会第4次会议通过的政府宣言明确宣布“东土耳其斯坦共和国”脱离中国而独立。
然而，在新疆建立一个独立的国家，并不是苏联对华政策的真实目标，也不是苏联策动和支持三区革命的根本目的。
在伊宁事变中，如果说三区的少数民族上层人物真正把新疆的独立作为了这次革命的最终目的，那么莫斯科不过是利用新疆地区的民族矛盾作为实现苏联在华利益的一个手段。无论从内部还是外部环境来看，苏联都不可能要求和实现把新疆从中国分离出去的目标。