准格尔是瓦剌四部之一，其巅峰期是在葛尔丹时期。葛尔丹时期，准格尔主导下的瓦剌各部基本上完成了对蒙古草原的统一，具备了与清朝抗衡的实力，因此主动进攻清朝，以求得到清朝的承认，与清朝分庭抗礼。但在乌兰布通战役中，康熙率清军击败了葛尔丹，葛尔丹的企图未能得逞。
此后，康熙又率军出征，主动出击，希望与葛尔丹进行主力决战。但从纯粹军事层面说，康熙这次主动出击并未能取得预期的效果，只能说是打了个平手，谁都没占到什么便宜。不过，从政治层面来看，情况就不一样了。清朝以中国内地为腹地来打仗，战争资源是非常深厚的，可以输得起，输一两次也不要紧。而葛尔丹经不起失败，一旦打一次败仗，内部就会出现问题。
经过几个回合的较量，葛尔丹内部果然出现了问题。看到葛尔丹并没有实力击败清朝之后，被葛尔丹裹挟的蒙古各部纷纷掉头，转而倒向清朝一边。在葛尔丹的后方，同时也发生了内部分裂，葛尔丹的侄儿策妄阿拉布坦公然反对葛尔丹，策妄阿拉布坦在血统上的合法性比葛尔丹更充分，所以准格尔内部的各个部落很快就倒向了策妄阿拉布坦。此后，准格尔主导的蒙古草原的短暂统一就崩溃了，准格尔重新回到新疆和中亚地区。
准格尔此时的处境是非常糟糕的。传统上，在蒙古草原和新疆一带的游牧部落如果南侵不能得逞，还可以向西发展，以壮大自己的实力。但在准格尔占据新疆的时期，这个条件不具备了，因为西边出现了更具侵略性和进攻性的势力，也就是正在崛起中的俄国。所以准格尔东边面临清朝的打击和压迫，西边又面临俄国的压迫，生存空间越来越狭窄。
更为重要的则是，像所有的游牧民族政权一样，准格尔在继承制度上沿用了草原上的兄终弟及的继承方式，导致具有汗位继承权的人越来越多，内战也就越来越频繁，内部不断分裂，每次汗位继承都要经历一次残酷的内战，或者是兄弟子侄之间的相互残杀。经过这种不断的内耗和自相残杀，准格尔的实力就一直在不断下降。
到乾隆时期，清朝经历了康雍乾盛世的长期积累，综合实力更进一步提高，而准格尔却在长期的内战中越来越衰落，部落离散，各自为政，相互之间谁也不服谁。最后，正是在内部继承权战争失败的准格尔王子阿木尔萨那主动投降清朝，让清朝完全知道了准格尔早已不是百年前那个强大的准格尔了，现在出兵已经是水到渠成的事。
所以，清朝方面出动六万大军，分别以哈密和科布多为前进基地，逐步调集军队，准备大举进攻准格尔。而此时的准格尔内部仍然处在内战之中，根本无力进行统一的抵抗。清军开始行动后，因为有阿木尔萨那等准格尔王公为前驱，所以沿路并未经历大规模的战役，就轻松的进入了准格尔汗国的核心地带，也就是伊犁河谷地区。而此时的准格尔能够用于抵抗清军的全部精锐兵力，总共只有五千人。
在清军的攻势下，准格尔的兵力很快就被击败，准格尔汗国也就此被消灭。但不久后，之前投降了清朝的阿木尔萨那又突然发动叛乱，企图发动准格尔部众，驱逐清军，自己变成准格尔汗王。于是清军调整了原来的军事部署，重新派遣将帅，进行了对阿木尔萨那的讨伐，阿木尔萨那被击败后逃往哈萨克草原，清朝才算最终完成对新疆地区的统一。当时的准格尔境内，总共只有二十五万人口了，可见准格尔已经衰落到了什么地步。