1368年，朱元璋在应天正式登上皇帝的宝座，国号大明，马秀英被册封为皇后，史称马皇后。从此，马皇后以皇后之尊关心政事，体恤百姓，尤其是对待明朝的众臣子，更是礼遇有加，与朱元璋一起齐心协力巩固大明王朝的统治，马皇后的仁慈善良更是被传为一段佳话。
在朱元璋登上大典的岁月里，因为马皇后与他荣辱与共，为此朱元璋对她也是一直非常的尊重和感激，对于马皇后的建议朱元璋也常常听取采纳，朱元璋草根出身，对待手中的权力异常珍惜，为了能够使朱家子孙千秋万代的统治天下，朱元璋的性情也变得爆裂残忍，很多功臣名将为此惨遭杀害。
洪武十三年，宋慎因为胡惟庸案而获罪，而作为开国文臣之首的宋濂因为是宋慎的爷爷也要被朱元璋处以极刑。宋濂还有一个身份就是太子朱标的老师，胡惟庸爆发的时候宋濂已经告老还乡，与胡惟庸一案的人员毫无牵扯。朱元璋想要将胡惟庸的同党扩大化，才将宋濂牵扯进来。
眼看宋濂就要惨遭极刑，马皇后及时出面加以阻止，劝谏朱元璋，并说一个普通老百姓还知道尊师重道的礼节，何况一国之君呢?再者说了宋濂已经告老还乡，他肯定不知道朝中之事，千万别冤枉了他。可是朱元璋依旧我行我素，没有听从马皇后的劝告。
事后，朱元璋与马皇后一起吃饭，马皇后既不喝酒，也不吃肉。朱元璋很纳闷，于是问她为何不吃不喝?马皇后回答说要为宋先生祈福，希望他能躲过这次横祸。听了马皇后的这一席话，朱元璋也动了恻隐之心，于是第二天就下令赦免了宋濂死罪。