巫蛊大案，导致了汉武帝晚期政治的重大转变。
那么，什么是巫蛊呢?
“巫蛊”二字，在中国汉朝之前的典籍上没有记述。有人认为《易经》之中的“蛊卦”和巫蛊有关系，完全是牵强附会。易卦之“蛊”，乃故老之“故”的通假，和巫蛊的“蛊”全无关系。
蛊，蛊惑也。蛊，其古音和“鬼”字通假，所以《说文》中记载：“臬桀死之鬼亦为蛊。”;同时，蛊还通“诅”，诅咒之术也。可以这样说，“巫蛊”，乃巫鬼之术或者是巫诅(咒)之术。
《汉书》记载说，“巫蛊”起自胡巫，是从匈奴传到中土，也非常有道理。因为匈奴民族信奉的萨满巫术，和史书中记载巫蛊术操作方法非常近似，就是以桐木制作小偶人，上面写上被诅咒者名字，生辰八字，然后装神弄鬼一番，施以魔法和诅咒，最恨将木偶埋放到被诅咒者的住处或附近。经过这样的魔法巫蛊，信者就认为，被诅咒者的灵魂即可受控制，他的性命就能掌握在施法术人的手中。
自从战国晚期开始，由于当时战乱导致的民族迁徙和融合，使得匈奴萨满巫术渐至中土，逐步流行，无论是下层百姓和上层王公贵族，皆对巫术深信不疑。
武帝继位之初的元光年间，皇后陈阿娇失宠，也曾使用巫蛊之术诅咒过刚刚得武帝宠爱的美人卫子夫。武帝发觉后，就把昔日金屋藏娇的表妹皇后废黜，受此事件牵连，被杀的女巫和宫人多达300人。但当时的巫蛊案件，仅限于皇宫内廷，对于国内政治影响很小。
武帝征和元年冬天开始的巫蛊之祸，影响就太大了，甚至延绵数年，牵连诛死者甚众，而且都是与皇族有关的公卿大臣，甚至包括了皇太子刘彻、皇后卫子夫，丞相公孙贺、刘屈氂，诸邑、阳石二公主，以及三个武帝皇孙，而牵扯入内的公卿大臣，更是多而又多：江充、韩说、章赣、苏文、石德、赵破奴、任安、暴胜之、田仁、朱安世、商丘成、张富昌、李寿、马通、马何罗、景建，等等。汉朝政治中心的都城长安，也在此次重大政治动乱中流血成渠，平民死伤数万。
巫蛊之祸，成为武帝晚年空前的一场政治乱局，对日后的大汉朝运祚影响深远。
宋朝大文士洪迈在其《容斋续笔》这样评说道：
汉世巫蛊之祸，虽起于江充，然事会之来，盖有不可晓者。武帝居建章宫，亲见一男子带剑入中龙华门，疑其异人，命收之，男子捐剑走，逐之弗获。上怒，斩门候，闭长安城门，大索十一日，巫蛊始起。又尝昼寝，梦木人数十，持杖欲击己，乃惊寤，因是体不平，遂苦忽忽善忘。此两事可谓异矣。木将腐，蠹实生之。物将坏，虫实生之。是时帝春秋已高，忍而好杀，李陵所谓法令无常，大臣无罪夷灭者数十家。由心术既荒，随念招妄，男子、木人之兆，皆迷不复开，则谪见於天，鬼瞰其室。祸之所被，以妻则衞皇后，以子则戾园，以兄子则屈氂，以女则诸邑、阳石公主，以妇则史良娣，以孙则史皇孙。骨肉之酷如此，岂复顾他人哉?且两公主实衞后所生，太子未败数月前，皆已下狱诛死，则其母与兄岂有全理?固不待於江充之谮也。
逐本寻源，巫蛊之祸也有它的“科学”解释。
武帝天汉年间，汉朝国内疫病大流行，连霍去病这位天下无双的青年英才，也都在这场汉朝大疾疫中得病而死。这种疫病的最初原因，很可能是由于匈奴所致。当然，并非匈奴萨满巫师多有能耐能把人咒死，但他们行动后果，导致了疾疫的发生和流行：匈奴萨满巫师指导匈奴军人，将病死的牲畜埋到汉军经过的水源上方，或者将未死的受传染的疫病战马驱赶到汉军军营内，最终造成汉军人马染病。
这种因死马死牲畜造成的病毒，随着汉军的最后凯旋归来，被军人带到了长安等地，造成了疫病在都城和附近地区的大爆发和大流行。
即使在今天，我们对于变种的许多病毒都束手无策，更何况当时科学很不发达的汉朝呢。时人迷信，就把这种致人死命的疫病归结为巫蛊诅咒。为此，年老体弱的汉武帝，更是疑心四起，加之他本人晚年也可能受病毒感染，更加深了他对巫蛊的恐惧。
所以，巫蛊之祸这个历史谜团，其实也不是很难解：主因是汉武帝多疑猜忌的性格，次因是匈奴人最早的“生物病毒细菌战”，辅因是他平时服用的导致幻觉发生的“神仙大力丸”，种种相加，大灾难最后来临。