1 锦衣卫
锦衣卫，产生最早，前身为明朝开国皇帝朱元璋的私人卫队“拱卫司”。拱卫司原来只负责皇帝的仪仗和侍卫等工作，后来被改称锦衣卫，除了继承了“侍卫”的责职，更重要的是被朱元璋给予了侦查，抓捕，审讯等司法权利。他们直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。
锦衣卫首领是锦衣卫指挥使，正三品，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以说，锦衣卫是明朝最早的特务机构。
2 东厂
东厂，由明成祖朱棣设立，全称为东缉事厂，简称东厂。明成祖上台后，惶恐政权的不稳固，担心侄子朱允炆尚存在人间。便任命身边的宦官心腹，成立了东厂，一来牵制锦衣卫，二来的补充锦衣卫的检查范围。原来锦衣卫虽然也是皇帝亲信掌管，但毕竟属外官，而由皇宫大内的太监掌管的东厂，与皇帝更加亲近，皇帝意图，他们更方便揣摩，而他们掌握的各类消息，往往也能更方便第一时间让皇帝知道。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，一般都是皇帝的心腹太监。通常都是宫中仅次于司礼监掌印太监的第二号太监。东厂设立之初，和锦衣卫享有同等地位，后来，宦官权倾朝野，东厂地位自然也就高于锦衣卫，连作为皇帝亲信武将的锦衣卫指挥使见到东厂首领都要施行跪拜礼仪。
3 西厂
西厂，相较锦衣卫和东厂，设立时间较晚，由明宪宗朱见深于成化十三年(1477年)设立，全称"西缉事厂"，简称西厂。西厂的设立，纯属偶然，明宪宗年间，民间传开"妖狐夜出"的神秘案件，严重扰乱正常的治安秩序。于是，明宪宗派心腹宦官汪直成立西厂，探查此案。汪直为人精明，在很短的时间内就找到了狐妖的伪装者，并且还给皇帝带回了很多秘密消息，深得朱宪宗的喜爱。于是，西厂迅速膨胀，拼命的构置大案、要案，声誉和影响力扶摇直上，势力一度超过东厂。但西厂急功好利，物极必反，不久被遣散。
宪宗的孙子武宗继位后，宦官势力再度兴起，大太监刘瑾不仅统领东厂，而且复开西厂，由其心腹太监谷大用统领。直到正德五年(1510年)，刘瑾倒台，西厂才正式废除，此后再未复开。
4 内行厂
正德初年，太监刘瑾复开西厂，然而东西两厂职权重叠，利益相同，二者争权夺利，互相拆台。对此，不但没有精简机构，太监刘瑾反而又自建了一个机构，称为“内行厂”。内行厂由刘瑾亲自统领，其职能与东、西两厂一样，但侦缉范围更广，甚至可以侦查东西两厂和锦衣卫权倾一时。但是同西厂一样，随着刘瑾的倒台，内行厂一样短命被废，以后也再没设置。
有以上介绍，可以看出他们的关系：东厂、西厂、内行厂、锦衣卫，都是明朝的特务组织，从成立时间来看，锦衣卫最早，东厂次之，西厂再次之，内行厂最晚。持续时时间来看，东厂、锦衣卫在明朝一直存在，而西厂、内行厂则更像是临时机构，昙花一现。
从权势来看，内行厂、西厂都曾经盛极一时，权倾天下，刘瑾统领的内行厂甚至有侦查其他所有特务部门的权利。锦衣卫和东厂，两者存在时间较长，影响也较大。但二者互相制衡，锦衣卫人数众多，势力庞大，首领为朝廷武将，掌有一定兵权，但向皇帝报告要具疏上奏;而东厂厂主身处皇宫大内，常常侍伴君侧，报告可口头直说，掌握核心机密和皇帝心思意图更加方便，自然更容易得到皇帝的信任，所以初时还和锦衣卫地位相当，到了明朝后期，宦官权势更盛，锦衣卫指挥使见了东厂统领甚至要下跪叩头。