说起明代的特务组织，锦衣卫一直是众人的热议话题。再加上各种影视作品对锦衣卫那些神乎其神的描写，大家便逐渐对这个略显神秘的机构产生了种种误解。
锦衣卫是明朝特有的机构，担负着护驾、侍卫、巡察、搜捕查案等任务。虽然曾一度被朱元璋撤销，但很快又被永乐皇帝朱棣重新恢复，并在此后与明朝共始共终。
锦衣卫虽然很牛，但篡夺了侄子皇位的朱棣上台后，觉得心里不踏实。为此，永乐十八年(1420年)，朱棣“始设东厂，命中官剌事”。东厂是“东缉事厂”的简称，其首领由朱棣信得过的太监担任，不少精干的锦衣卫也被选入东厂担任下属官员和业务骨干。
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”，起初，东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理，但到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂的首领称为东厂掌印太监，也称厂主和厂督，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。除此以外，东厂中设千户一名，百户一名，掌班、领班、司房若干，具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，也称档头，番役就是我们俗称的番子。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审;朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动;一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看。
可以说，从朱棣时代一直到明朝中后期，东厂一直很牛，直到西厂出现。西厂的设置，完全是个偶然。成化十二年(1476年)，一个名叫李子龙的大臣竟然轻松地闯进了内宫深院，这让疑神疑鬼的明宪宗心里很不踏实，认为皇宫内外有秘密沟通。为了加强特务统治，明宪宗于次年(1477年)在东厂之外增设“西缉事厂”，简称西厂，首领由大太监汪直担任，另从锦衣卫选拔厂员。
虽然与东厂、锦衣卫合称“厂卫”，但西厂的权力超过东厂，侦缉范围自京师遍及全国。西厂不仅兼有锦衣卫、东厂的职能，还设有自己的监狱和法庭，在不向皇帝奏请的情况下，可以随意逮捕、拷问、审讯文武大臣，地方官员和普通百姓也在其监视范围之内，肆无忌惮。同时，西厂还有一项职能，即监视东厂，“权焰出东厂上”。五个月后，因朝野反对声此起彼伏，明宪宗被迫撤销西厂。
朱厚照登基后，太监刘瑾专权，为了巩固自己在太监中的老大地位，于正德三年八月，设立了内行厂，刘瑾身为司礼监太监，内行厂的规格和权势自然高过西厂、东厂和锦衣卫。相比于其他厂卫，内行厂的机构更大，特务更多，制度更严，侦缉范围更广，除了监视天下臣民外，东厂和西厂也在其监管之例，“虽东西厂皆在伺察中，加酷烈焉”，内行厂成为脚踩东厂西厂锦衣卫的厂上之厂。
内行厂的酷刑很厉害，当时刘瑾为了把持朝政，对反对势力极其严酷，“罪无轻重皆决杖，永远戍边，或枷项发遣。枷重至百五十斤，不数日辄死。”
所谓多行不义必自毙。正德五年(1510年)八月，刘瑾因“谋反”被处死，内行厂被废除，虽然它只存在了二年，但它把特务的嚣张狠毒演绎到了极致，也给明朝臣民带来了深重灾难。