为解决“朱元璋后”的遗留问题，建文帝与方孝儒、齐泰、黄子澄等人推行了一系列改革被称为“建文改制”。然而，在建文削藩时却遭致大祸，燕王朱棣夺下皇权，建文帝下落不明。
建文改制具体措施
更定官制
一、完善中枢文职化——以品行佳优的文臣循吏充实大明中枢机构，完善其文职化建文帝以文臣学士作为主要仕进对象，大开科举，从而使相当提高了建文朝廷的整体文化素质，或称为“秀才朝廷”。除此之外，建文帝还特别看重朝廷中枢主要官僚的个人品质与政治实践经验。挑选拥有丰富的地方治理经验、政绩突出、品行良好的封疆大吏担任六部尚书和侍郎(相当于国家部长与副部长)。其中较为出名的有云南右布政使陈迪提为礼部尚书 、浙江左布政使王纯提为户部尚书 。更为重要的是建文朝的司法、监察机构主管领导或清正廉明或忠贞刚烈，对于整治官场风气与纠正冤假错案都十分有益的。
二、提高文臣地位、精减地方官制——以提高文臣学士政治待遇为中心的官制改革建文帝的官制改革体现出儒家仁义礼乐化民的治国理念，这实际上是对朱元璋的“专意右武”政策性错误的矫正。洪武时期，朱元璋分掌天下的六部定为正二品，将中央军都督府的左右都督定为正一品，这显然是与文武并称是相悖的，更可笑的是培养文官的国子监祭酒(校长)定为正四品，而皇帝管理军马的太仆寺卿却定为从三品。由此可见建文帝的改制是必不可少的。这里就不赘述具体改革了。总之，大批亢官亢员的淘汰，减轻了人民的负担，也有利于社会经济的发展。后世史学家朱鹭说：“然在后世，民残于多牧，禄縻于亢员，重以中官出使，道路绎骚，则汰官，省邑二事，固亦有足采者。未可谓建文时政，毕竟非也“
宽政减刑
一、宽和政治——创造比较宽松的政治氛围
大明初期三十多年内洪武政治是恐怖而又伴随着血腥的，而在朱允炆主政时期，其贯彻的总的精神就是“改严为宽”，建文帝改变了朱元璋万机皆亲断的做法，将许多国家政务委派给手下大臣，放权下去，尊重他们的人格与地位;改变了朱元璋设置六科给事中监察百官，自己乾纲独断的做法，而是将六科给事中改为左右拾遗，不监察百官而是专门给皇帝提意见，规谏皇帝，虚心纳谏，宽和对待大臣，注重礼教德化，确实一位宽厚、眼光远大的帝王。
二、宽减刑罚——纠正冤假错案，改轻刑典
建文帝在皇太孙时期就已参与到大明司法案件的审理当中，并且参考礼经和历朝刑法，修改大明律数处，继位后，除了改轻刑典，宽刑疏法外，还展开对洪武年间的大量冤假错案的平反工作，这些做法对于缓和社会矛盾与稳定大明帝国的统治起到了极大的促进作用。
宽免赋税
由于朱元璋早年当过和尚，所以比较熟悉佛教教义。中晚年的朱元璋恐惧因果报应，因此青睐佛教，导致大量寺院佛道广占田地，不向政府纳税，加重了人民负担;大明初期不知为何，朱元璋独重江南赋税，财税政策厚此薄彼。
建文帝继位后，禁止私自出家为僧尼，限制佛道势力的发展，建文三年规定：“天下寺院道观，每僧道一人各存田五亩，免其租税，以供香火，余者入官，均给平民” ，建文帝一上台，就下诏要求江南赋税与其余地方相同，并且不必像洪武年间一样不得在户部为官，而是一视同仁，即使是朱棣在北方已经搅得鸡飞狗跳，建文帝依然坚定推行政策。
理想与现实
自从登基起，建文帝就不断下诏，实施新政，去除朱棣的刻意丑化，客观理性的看建文帝，他确实是少有的好皇帝，但历史是无情的，“建文新政”最终是失败了，失败的原因有两个方面：外部原因就是朱棣“靖难”造反的成功，打断了“建文新政”的进程;
内部原因有至少四点：一、太过理想化，建文帝的“宽仁”是太过于理想化的宽，是无原则的宽，是典型的迂腐书呆子气;二、“建文新政”操之过急，求成太切。新政本就侵犯了大明朝许多官僚的利益，又与削藩同时进行，一下子激化了中央与藩王的矛盾，使朝廷陷入了内外交困的局面;三、用人不合适，选择时机不对，诚然，方孝孺，齐泰等是”智囊“，但他们的虽有满腔热血，却缺乏政务的实际经验，统御与领导能力不足，他们的经验来自于历史，却完全不懂政界的凶险与人性的丑恶，终于产出恶果。四、“建文新政”的复古色彩太浓，最明显的是，建文帝为了想改变贫富不均的局面，竟采纳方孝孺不合时宜的建议，恢复两千年前西周时的井田制。
改革出现问题是很正常的，但偏偏出在削藩时，终于让朱棣抓到把柄，以“变更祖制”为由起兵造反，发动了“靖难之役”
建文改制的结果如何
建文改制一方面对武官的利益多有触动，故在改革时多少受到了勋臣们的阻碍;另一方面其成果因为靖难之变而大打折扣。由于明惠帝与方孝儒专心于托古改制的不急之务，在削藩方面没有马上针对燕王朱棣，促使朱棣发现危机，并且以“更改祖制”为由发起靖难之变;战争开始后惠帝又一再在军事上犯错，使得政府军节节败退，最终战败。朱棣攻入南京之后称帝，即明成祖。明成祖为了证明自己的皇位合法性，以抹除篡位的污点，将建文年间改变的制度几乎全部恢复为洪武旧制;并且革除建文年号，将建文四年的记事改沿用洪武年号记录。此外还将钱粮、兵马以外所有榜文奏书尽数烧毁。